اصل دوم از استانداردهاى رسيدگى بيان‌ کنندهٔ نياز بررسى و ارزيابى سيستم کنترل داخلى است. امروزه در عرف حسابرسى کاملاً پذيرفته شده است که حسابرس بايستى در جريان رسيدگى‌هاى خود سيستم کنترل داخلى که در مؤسسه مورد رسيدگى استقرار يافته است را مطمح نظر قرار دهد، چرا که فقط با استناد آن مى‌باشد که حسابرس مى‌تواند از رسيدگى کامل و صددرصد به معاملات و عمليات خوددارى کند. يکى از اهداف اصلى کنترل داخلى به‌‌طورى که بعداً خواهيم ديد آن است که براى دستگاه مدارک قابل‌اطمينانى نگاهدارى شود.


به‌طورى که همواره بتوان از انعکاس صحيح کليهٔ معاملات دستگاه در دفاتر و مدارک حسابدارى آن اطمينان داشت. از طرف ديگر به‌طورى که قبلاً فکر گرديد امروزه حجم عمليات بيشتر شرکت‌ها و مؤسسات و سازمان‌ها به‌قدرى زياد است که رسيدگى کامل و صددرصد نسبت به آنها غيرعملى و لااقل اکثراً غيرمقدور است. ولى چگونه است که حسابرس مى‌تواند با رسيدگى به تعدادى از اقلام و انجام آزمايش‌هائى بر مبناى نمونه‌بردارى بر يک سلسله نتيجه‌هاى کلى برسد و مشت را نمونهٔ خروار تلقى کرده، مسؤوليت يک اظهار عقيده‌اى را که بالاجبار مى‌بايستى نسبت به کل صورت‌هاى مالى اظهار گردد تقبّل نمايد؟ توجيه فنى اين امر، اتکائى است که حسابرس در جريان رسيدن به عقيدهٔ حرفه‌اى خود به‌وجود و عملکرد سيستم کنترل داخلى دستگاه مى‌کند، چرا که اگر دستگاه از سيستم کنترل داخلى مؤثرى برخوردار مى‌باشد، و اين موضوع در جريان رسيدگى‌هاى حسابرس اثبات گرديده است، در آن‌صورت يکى از نتايج عملکرد سيستم، قابل‌اعتماد بودن مدارک و دفاتر حسابدارى و عملياتى است. ولى لازمهٔ همهٔ اين بحث و نتيجه‌گيرى آن است که حسابرس سيستم کنترل داخلى را از لحاظ فنى و به‌نحو شايسته‌اى بررسى و ارزيابى کرده باشد، نه آنکه صرفاً برحسب مسموعات و ادعاى مديران يا کارمندان مسؤول دستگاه اولاً وجود، ثانياً مناسبت و ثالثاً قوت و کفايت کنترل‌هاى داخلى را فرض کرده باشد.