سيستم عامل، پيام‌ها و دستورالعمل‌هاى اپراتور را دريافت مى‌کند و اگر دستور معتبر باشد بر اساس آن اقدام مى‌کند. هم‌چنين پيام‌هاى لازم در مورد وضعيت اجراء کار را به اپراتور مى‌رساند. اين پيام‌ها روى ميز فرمان کامپيوتر که به‌طور معمول يک دستگاه چاپ يا ترمينال تلويزيونى است ظاهر مى‌شود. وضعيت اجراء کار، شامل شروع و پايان هر کار، پيام‌هاى مربوط به فايل‌هاى موردنياز و ايجاد شده و اشکالاتى است که در زمان اجراء پيش مى‌آيد.


اشکالات ممکن است سخت‌افزارى يا نرم‌افزارى باشد. براى نمونه اگر اشکالى در خواندن اطلاعات ايجاد شود، پس از سعى در رفع اشکال از طريق دوباره‌خوانى يا روش‌هاى ديگر، سيستم عامل با ارسال پيام مناسب و ثبت وضعيت، اجراء برنامه مربوطه را متوقف مى‌کند. يا ظهور اشکالاتى از قبيل چرخه بدون انتها (Loop) يا انجام محاسبات غيرمجاز بر روى اطلاعات غير عددى نيز سيستم عامل اجراء برنامه را متوقف مى‌کند. در اينگونه موارد، سيستم عامل دليل توقف و برخى اطلاعات ضورى جهت رفع اشکال را طى اشکال را طى پيام‌هاى مناسب گزارش مى‌کند.


براى توضيحات بيشتر در مورد اشکال مى‌توان از برنامه‌هاى کمکى براى رفع اشکال (Debugging) برنامه‌ها استفاده کرد. برنامه‌هاى کمکى مزبور مى‌تواند براى رسيدگى‌هاى حسابرسان نيز مورد استفاده قرار گيرد. موارد استفاده از اين برنامه‌ها نيز بايد مورد مطالعه حسابرس قرار گيرد زيرا برخى از اين برنامه‌ها ممکن است به‌منظور ناديده گرفتن اجراء کنترل‌هاى داخلى به‌کار رود. در مورد سوءاستفاده‌هاى احتمالى از اين نوع برنامه‌ها در همين بخش، در قسمت برنامه‌هاى خدماتى توضيحات بيشترى داده مى‌شود.