کنترل‌هاى دسترسى به دستگاه‌ها و اطلاعات موجود در سيستم‌هاى عامل (که در بخش کنترل‌هاى نرم‌افزارهاى عمومى درباره آنها بحث شد) مى‌تواند به‌طور قابل ملاحظه‌اى از اطلاعات و برنامه‌ها حفاظت کند. براى تکميل کنترل‌َهاى مزبور و بيشتر به منظور تسهيل عمليات تغيير برنامه‌ها، اغلب مراکز کامپيوترى برنامه‌هاى ويژه‌اى براى ثبت و کنترل بايگانى فايل‌ها و برنامه‌ها تهيه يا ايجاد کرده‌اند. کار اصلى اين برنامه‌ها نگهداشت سوابق و حفاظت از برنامه‌ها و فايل‌هائى است که در انباره‌هاى کامپيوترى نگهدارى مى‌شود. برنامه کتابدار يا بايگان برنامه‌هاى کامپيوترى داراى وظايف عمده زير است:


- اضافه، حذف يا جايگزين کردن برنامه در روى فايل برنامه‌ها.


- تسهيل انجام تغييرات در برنامه‌هاى فايل مزبور.


- تهيه گزارش تغييرات انجام شده و فهرست برنامه‌هاى موجود.


- محدود کردن استفاده يا تغيير برنامه‌ها به افراد مجاز.


- افزايش کارآئى نگهدارى برنامه‌ها.


حسابرس بايد توجه داشته باشد که وظايف مزبور در تمام برنامه‌هاى بايگان يکسان عمل نمى‌شود و ميزان و طرز اجراءِ وظايف مزبور به خصوصيات کامپيوتر و برنامه مورد استفاده بستگى دارد. حتى برخى از کنترل‌هاى موجود در برنامه نيز ممکن است مورد بهره‌بردارى مرکز خدمات کامپيوترى قرار نگيرد. ويژگى‌هاى موردنظر حسابرس در کنترل‌هاى داخلى که در برخى از اين نوع برنامه‌ها وجود دارد به‌شرح زير است:


- امکان محدود کردن برنامه‌نويس به خواندن اطلاعات برنامه‌هاى موجود روى فايل و نسخه‌بردارى از آن يا فقط قسمت‌هائى که براى انجام وظيفه به آن نياز دارد.


- امکان محدود کردن برنامه‌نويس به خواندن اطلاعات برنامه‌هاى موجود روى فايل و نسخه‌بردارى از آن يا فقط قسمت‌هائى که براى انجام وظيفه به آن نياز دارد.


- امکان استفاده از کلمه رمز به روش‌هاى مختلف به گونه‌اى که دستيابى به اطلاعات و انجام تغييرات را در هر يک نامه‌ها تفکيک کند.


- امکان رمزى کردن برنامه‌ها و اطلاعات در حافظه به گونه‌اى که نتوان با استفاده از ساير برنامه‌هاى خدماتى کنترل‌ها را ناديده گرفت.


- امکان تهيه فايل‌هاى پشتيبان طبق يک برنامه منظم زمانى يا در مواقع معين مانند، بلافاصله بعد از هر تغيير در يکى از برنامه‌ها.


- امکان نگهدارى نسخ متفاوت يا قبلى هر برنامه با پسوند مناسب مثلاً اعداد ترتيبى براى مشخص کردن ترتيب تاريخى.


- ثبت و نگهدارى تاريخ ثبت هر خط از برنامه در فايل به گونه‌اى که بررسى تغييرات را آسان کند.


نرم‌افزارهاى ويژه حفاظت از فايل‌هاى اطلاعات و برنامه‌ها نوعى از برنامه‌هاى کامپيوترى است که براى حفاظت از منابع کامپيوترى ايجاد مى‌شود. اين برنامه‌ها فهرستى از منابع و استفاده کنندگان مجاز هر يک را نگهدارى مى‌کنند و هر بار که استفاده کننده‌اى بخواهد از کامپيوتر استفاده کند علاوه بر اينکه بايد ساير مقررات (اسم رمز و غيره) را رعايت کند، بودن وى جز استفاده کننده‌هاى مجاز نيز کنترل مى‌شود. (مقصود از استفاده کننده افراد، سازمان‌ها، برنامه‌ها و سيستم‌هاى کاربردى است که به‌نحوى از تجهيزات يا اطلاعات استفاده مى‌کنند). براى مثال، فقط اپراتورها مجاز به اجراء برنامه‌هاى اجرائى مى‌باشند يا فقط برنامه‌نويس‌ها مى‌توانند از برنامه‌هاى کمکى براى رفع اشکال برنامه‌ها استفاده کنند.


وجود يا حتى استفاده از برنامه بايگان يا حفاظت کامپيوترى در يک مرکز خدمات کامپيوترى دليل قاطعى بر استفاده کامل و صحيح از تمام جنبه‌هاى کنترلى اين برنامه‌ها نيست زيرا هر مرکز کامپيوترى مى‌تواند برخى از کنترل‌ها را کنار گذارد يا اجراء نکند بنابراين، حسابرس بايد در مطالعه و ارزيابى خود توجه داشته باشد که کنترل‌هاى موجود و مورد استفاده، به ‌طرز صحيح و کامل اجراء شود. وجود برنامه بايگان يا حفاظتى نه تنها دليلى بر وجود کنترل‌هاى مناسب نيست بلکه مى‌تواند به‌صورت ابزارى براى تسهيل عمليات غيرمجاز باشد. براى مثال، در بيشتر برنامه‌هاى بايگان اين امکان وجود دارد که قبل از اجراءِ برنامه‌هاى فايل، تغييراتى در آن انجام، و برنامه تغيير يافته اجراء شود در حالى‌که برنامه بايگانى شده قبلى دست نخورده باقى مى‌ماند. اين امکان براى آزمايش تغييرات موردنظر در برنامه بسيار مفيد است، اما در عين حال ابزار خطرناکى است زيرا برنامه‌نويس کامپيوتر مى‌تواند در يک رانش، برنامه‌اى را که براى هدف ويژه‌اى تغيير يافته است، بدون باقى ماندن اثرى از تغيير، اجراء نمايد.