هرگونه تغيير غيرمجاز برنامه‌هاى کامپيوترى مى‌تواند موجب پردازش نادرست، اشتباه، سوءاستفاده يا خنثى شدن کنترل‌هاى کاربردى سيستم مربوطه شود. رويه و ضوابط تغيير برنامه‌ها بايد توسط مديريت مشخص و تصويب شود. ضوابط و کنترل‌هاى ايجاد و توسعه سيستم‌ها در بخش سازمان و مديريت مراکز خدمات کامپيوترى ذکر شد. آئين‌نامه‌ها يا ضوابط ايجاد و توسعه سيستم‌ها بايد شامل فصلى در مورد ضوابط تغيير برنامه‌ها باشد. تغيير موضعى (Patch) برنامه‌هائى که در حين اجراءِ اشکالاتى در آنها پيدا مى‌شود بايد ممنوع شده باشد. ضوابط تصويب، انجام، آزمايش و مستندسازى تغييرات قبل از اجراءِ واقعى بر روى اطلاعات حقيقي، بايد روشن بوده و دقيقاً اجراء شود. در بيشتر مراکز خدمات کامپيوترى به منظور دستيابى به اهداف مزبور دو فايل جداگانه براى برنامه‌هاى سيستم‌ها کاربردى ايجاد مى‌شود.


برنامه‌هاى اجرائى در يک فايل و برنامه‌هاى در حال آزمايش در فايل ديگرى نگهدارى مى‌شود. فايل برنامه‌هاى اجرائى داراى کلمه رمز مستقل است و فقط مسؤول عمليات اجازه دارد برنامه‌هائى که اجراءِ آنها تصويب شده است را به اين فايل اضافه کند. فايل برنامه‌هاى در حال آزمايش، در اختيار برنامه‌نويسان است و مى‌تواند شامل يک نسخه از برنامه‌هاى اجرائى نيز باشد. تغييرات ضرورى ابتدا در فايل مزبور انجام مى‌گيرد. پس از آزمايش و تأييد، با تصويب مديريت، نسخه تغيير يافته جايگزين نسخه قبلى در فايل اجرائى مى‌شود. از نسخه‌هاى قبلى يک کپى روى نوار ضبط و براى مراجعات بعدى نگهدارى مى‌گردد. برنامه‌هاى قديمى و غير قابل استفاه نيز روى نوار ضبط شده و در بايگانى نوارها براى رسيدگى‌هاى بعدى نگهدارى مى‌شود. تعداد زيادى برنامه را مى‌توان در يک فايل نوارى (يا فايل‌هاى متعددى روى يک حلقه نوار) بايگانى کرد.


با روش‌هاى مزبور مى‌توان تغيير غيرمجاز برنامه‌ها را کنترل کرد. از روش‌هاى تکميلى ديگرى نيز براى کشف تغييرات غيرمجاز برنامه‌ها استفاده مى‌شود. بررسى‌‌هاى تصادفى گزارش کارکرد کامپيوتر توسط مدير مرکز يا اخذ و بررسى گزار‌ش‌هاى ويژه از موارد به هنگام‌رسانى فايل برنامه‌هى اجرائى نيز مفيد است.


روش ديگرى نيز براى کنترل انجام تغيير در برنامه‌ها وجود دارد. اين روش که کمتر معمول مى‌باشد عبارت از جمع در هم تمام دستورالعمل‌هاى برنامه به زبان ماشين است. توسط برنامه ويژه‌اى علائم کامپيوترى دستورالعمل‌ها، که از صفر و يک تشکيل مى‌شوند، با هم جمع مى‌شود و جمع درهمى براى هر برنامه ايجاد و نگهدارى مى‌شود. براى کنترل تغيير در برنامه، مى‌توان جمع در هم مجددى از آن برنامه محاسبه و يا جمع قبلى تطبيق داد. اگرچه تطبيق جمع، اطمينان کاملى در مورد عدم تغيير برنامه نيست اما تا حدودى کافى است. تاريخ آخرين تغيير يا تاريخ ضبط برنامه در فايل برنامه‌ها که توسط برنامه بايگانى در فهرست مربوطه چاپ مى‌شود شاخص سهل و ساده‌ترى براى درک منظور مزبور است.