هدف از ايجاد سيستم‌هاى کاربردى تأمين نيازهاى استفاده کنندگان است، بنابراين لازم است نماينده واحد استفاده کننده در تمام مراحل ايجاد سيستم شرکت داشته باشد. در طراحى سيستم‌هاى کاربردى بايد به نظرات کليه کارکنانى که با عمليات در حال کامپيوترى شدن، آشنائي، ارتباط يا مسئوليت اجرائى دارند توجه شود. مشارکت استفاده کننده در طراحى سيستم با منظور نمودن لزوم تأييد استفاده کننده در پايان هر يک از مراحل ايجاد سيستم تأمين شود. در سيستم‌هاى عمده مالي، نماينده استفاده کننده بايد عضو گروه طراحى باشد و نظر به اهميت نقش او در گروه، مى‌تواند مدير گروه گردد.


درباره نقش حسابرسى داخلى در طراحى سيستم‌هاى کاربردى دو نظريه متفاوت وجود دارد:


يک نظريه اين است که حسابرسى داخلى نبايد در طراحى همکارى نمايد زيرا وظيفه وى انجام بررسى مستقل و اظهار نظر بى‌طرفانه در مورد سيستم است. اگر حسابرس در طراحى سيستم مشارکت کند نظر او درباره سيستمى که خود در طراحى آن شريک بوده است مستقل و بى‌طرفانه نخواهد بود. بر پايه اين نظريه حسابرس بايد در پايان کار طراحي، سيستم پيشنهادى را بررسى و اظهارنظر نمايد.


نظريه ديگر ضمن پذيرفتن استدلال مزبور در مورد تضاد منافع حسابرس هنگام اظهارنظر درباره سيستم‌هائى که خود در طراحى ان مشارکت داشته است، به مشکلات و هزينه زياد انجام تغييرات عمده در سيستم‌هاى کاربردى پس از اتمام کار، توجه بيشترى دارد، افزودن يک کنترل، که به سادگى مى‌توانسته در طرح اوليه سيستم منظور شود، پس از پايان کار پياده‌سازى سيستم، مستلزم هزينه و زمان زيادى است. حسابرس، کارشناس کنترل‌هاى حسابدارى است و بايد از اين جنبه در طراحى سيستم‌ها شرکت کند. مشارکت حسابرس در طراحى سيستم‌ها بايد محدود به جنبه‌هاى کنترل باشد و توجه شود که حسابرس نبايد درگير مراحل پياده‌سازى يا اجراءِ سيستم گردد.


هر دو نظريه اصل مشارکت اصل مشارکت حسابرسى داخلى در طراحى کنترل‌هاى حسابدارى سيستم‌هاى کاربردى را مى‌پذيرد و طبق هر دو نظريه حسابرس بايد براى اصلاح نقاط ضعف کنترل‌هاى سيستم پيشنهاداتى ارائه کند. علت اختلاف روش، تأکيدهاى متفاوتى است که از جنبه ارائه نظر مستقل و جنبه هزينه اجراءِ پيشنهادات حسابرس وجود دارد. شايد بهترين روش اجرائى اين باشد که مشارکت حسابرس به‌صورت حضور نماينده حسبارسى در گروه طراحى نبوده بلکه به مطالعه و ارزيابى گزارش‌هاى هر يک از مراحل ايجاد سيستم محدود شود. چنانچه حسابرس بتواند نظرات خود را درباره کنترل‌هاى داخلى سيستم‌ها پس از مطالعه گزارش امکان‌سنجى و مشخصات سيستم پيشنهادى ارائه نمايد بدون نياز به حضور نماينده حسابرسى در مراحل طراحى و پياده‌سازى سيستم، گروه طراحى مى‌تواند نسبت به اجراءِ پيشنهادات حسابرسى اقدام کند و حسبارس مى‌تواند اثر پيشنهادات خود را در گزارش طراحى و ساير مستندات سيستم بررسى نمايد. نقطه ضعف اين روش، افزايش مدت بين زمان پايان بررسى اوليه و ارائه گزارش امکان‌سنجى و مشخصات سيستم پيشنهادي، و زمان شروع پياده‌سازى سيستم است. اين مدت به دليل زمانى‌که حسابرس براى مطالعه گزارش و تبادل نظر و ارائه پيشنهادات خود لازم دارد افزايش مى‌يابد و ممکن است تجديد نظر در گزارش اوليه و به تأييد رساندن گزارش جديد را نيز ضرورى نمايد که در اين حالت زمان موردنياز به نسبت بيشترى افزايش مى‌يابد.