استفاده از مستندات سيستم‌هاى کامپيوترى از جنبه‌هاى گوناگون براى حسابرس ضرورت دارد. يک جنبه از آن، استفاده از مستندات براى رسيدگى به کنترل‌هاى داخلى سيستم و جنبه ديگر، استفاده براى برنامه‌ريزى حسابرسى با استفاده از کامپيوتر است. در مطالعه و ارزيابى کنترل‌هاى داخلي، وجود مستندات سيستم هر يکى از کنترل‌هاى اساسى و هم يکى از منابع اطلاعاتى بااهميت است. علاوه بر اينکه هر سيستم کاربردى بايد داراى پرونده‌هاى لازم باشد، تدوين و اجراءِ استانداردهاى تنظيم مستندات سيستم‌ها يکى از کنترل‌هاى عمومى است که در رسيدگى به مراکز خدمات کامپيوترى مورد مطالعه و ارزيابى حسابرس قرار مى‌گيرد.


مستندات سيستم بهترين منبع اطلاعات براى مطالعه کنترل‌هاى داخلى موجود، به‌ويژه کنترل‌هاى پردازشى برنامه‌هاى سيستم کاربردى است. بنابراين، بررسى کنترل‌هاى داخلى هر سيستم تا اندازه‌اى به مستندات سيستم مزبور بستگى دارد. حسابرس با مطالعه پرونده سيستم، راهنماى استفاده کنندگان و ساير مستندات، شناخت بهترى از کنترل‌هاى پيش‌بينى شده و موجود سيستم به‌دست مى‌آورد. حتى اگر مستندات سيستم براى بررسى‌هاى حسابرس درباره کنترل‌هاى حسابدارى ضرورى نباشد، فقدان مستندات کافي، نشان دهنده ضعف کنترل‌هاى ادارى است و ممکن است بر ارزيابى حسابرس از کنترل‌هاى داخلى مؤثر باشد.


مستندات سيستم براى برنامه‌ريزى روش‌هاى حسابرسى با استفاده از کامپيوتر نيز مفيد و حتى ضرورى است. اگر بررسى کنترل‌هاى داخلى و نتايج آزمون‌هاى رعايت نشان دهد که روش‌هاى حسابرسى با استفاده از کامپيوتر نيز بايد به‌کار گرفته شود، حسابرس به مشخصات فايل‌ها، رکوردها، فرم‌ها، کدها و ساير اطلاعات اساسى درباره سيستم نياز دارد تا بتواند اين قسمت از کار را انجام دهد. منبع اطلاعات موردنياز مستندات سيستم کاربردى است. بنابراين مستندات مناسب و کافى سيستم‌هاى کاربردى براى کاهش زمان برنامه‌ريزى و اجراءِ روش‌هاى حسابرسى با استفاده از کامپيوتر ضرورى است.