مستندات سيستم يکى از اجزاءِ مهم و منبع اطلاعات درباره علل، مراحل و مزاياى ايجاد سيستم و نوع و نحوه گردش و پردازش اطلاعات در سيستم است. در اين بحث پرونده‌هاى مختلف مستندات سيستم، محتوى هر يک از پرونده‌هاى مختلف مستندات سيستم، محتوى هر يک از پرونده‌ها و اهميت مستندات سيستم‌هاى کاربردى براى حسابرس تشريح مى‌شود. با توجه به اينکه در بيشتر موارد، به‌ويژه در مراکز خدمات کامپيوترى رد ايران پرونده‌هاى کامل براى سيستم‌هاى کاربردى نگهدارى نمى‌شود، حداقل پرونده‌ها و محتواى هر کدام، در حدى که حسابرس مى‌تواند انتظار وجود آن‌را در مرکز کامپيوتر داشته باشد، مشخص مى‌گردد.


نظر به اينکه براى تدوين مستندات سيستم به روش معمولى و دستي، زمان و هزينه زيادى صرف مى‌شود، نرم‌افزارهاى ويژه‌اى براى کاهش عمليات دستى و افزايش سرعت تهيه و نگهداشت مستندات مزبور ايجاد شده است که مى‌تواند مورد استفاده حسابرس نيز قرار گيرد. در پايان اين بحث، نرم‌افزارهاى ويژه مستندسازى سيستم‌هاى کاربردى طبقه‌بندي، و درباره موارد استفاده از هر يک از آنها توضيحاتى داده مى‌شود.


در مورد حداقل مستندات سيستم‌هاى کاربردى در هيچ‌يک از کشورها در سطح ملى استاندارد پذيرفته شده و معتبرى تدوين نشده است. برخى از مؤسسات حرفه‌اى خارجى مانند مرکز ملى کامپيوتر (NCC= National Computer Centre) در انگلستان کلاسورهاى حجيمى درباره پرونده‌هاى سيستم‌هاى کاربردى تدوين کرده‌اند که در برخى از مراکز کامپيوترى ايران نيز از آن استفاده مى‌شود. در ايران نيز وزارت برنامه و بودجه ضوابطى را در کتاب استاندارد مستندسازى سيستم‌ها منتشر کرده است که مى‌تواند راهنماى تهيه و تدوين مستندات سيستم‌هاى کاربردى کامپيوترى باشد، اما هيچ‌يک از آنها ضمانت اجرائى ندارد. بنابراين، مستندسازى سيستم‌هاى کاربردى در بيشتر موارد بر حسب مقررات و ضوابط داخلى مراکز خدمات کامپيوترى انجام مى‌شود.