بر طبق نظر آیت الله دكتر هاشم زاده هریسی از حقوقدانان و صاحبنظران قضایی كشور ،« قاضی دارای چنین قدرت و استقلالی، شرایط لازم دیگری هم دارد یكی تقواو عدالت لازم و كامل است دومی علم و اجتهاد تا آن جا كه صاحب رأی و فتوا باشد » و شرایطی كه در فقه اسلامی برای یك قاضی ذكر شده برای مرجع تقلید مسلمین تعین نیافته است .بر طبق این نظر « شرط اول غیرقابل اغماض و غیرقابل حذف است كه حكم قاضی غیرعادل هرگز مشروعیت ندارد و لازم الاتبّاع نمی باشد ولی شرط دوم در مواقع ضرورت قابل اغماض می باشد كه اگر قاضی مجتهد و صاحب فتوا در حد نیاز وجود نداشته باشد حكومت می تواند از عالمان با فضیلت و عدالت كه صاحب فتوا و اجتهاد نیستند، جهت امر قضا استفاده كند و به آن ها اذن قضاوت دهد و به منصب قضا نصبشان كند كه چنین قاضیان غیرمجتهد را قاضیان مأذون و منصوب می نامند ، قاضی مأذون و منصوب استقلالش محدود است و در حد قاضی مجتهد و صاحب رأی و فتوا نیست ، قاضییان مجتهد كه در روایات ما « روات احادیث» عنوان گرفته اند بر اساس رأی و نظر شخصی خود حكم صادر می كنند و قاضی مأذون و منصوب بر اساس قانون، یعنی در چهارچوب قوانینی كه حكومت تصویب و برای او تعیین نموده است، محصور و محدود می باشد، بدان معنا آزاد و مستقل نیست كه متكی بر آرا و نظرات خاص علمی و فقهی خود باشد و این در واقع استقلال او را تا حدی محدود می كند به این نكته نیز باید توجه شود قاضی مجتهد صاحب فتوا هم اگر از طرف حكومت منصوب به منصب قضا شود او نیز قاضی منصوب و مأذون خواهد بود جهت وحدت رویه، حكومت او را مشروط به منصب قضا نصب نموده و مشروط اذن به قضا داده است كه در چهارچوب قوانینی كه حكومت برای او تعیین می كند قضاوت كند و از چهارچوب آن قوانین خارج نشود بنابراین هر دو نوع قاضی هم مجتهد و هم غیرمجتهد در صورت منصوب و مأذون بودن از سوی حكومت، استقلال كامل خود را از دست می دهند و در چهارچوب قانون تعیین شده از سوی حكومت محصور و محدود می شوند فقط با این تفاوت در مواردی كه قانون موضوعه و مدون برای صدور حكمی در یك موضوعی وجود نداشته باشد در این گونه موارد، قاضی غیرمجتهد طبق اصل ۱۶۷قانون اساسی با استناد به فتاوای مشهور و معتبر مجتهدان دیگر حكم صادر می كند ولی قاضی مجتهد بر اساس فتوا و رأی شخصی خود حكم داده و به موضوع فیصله می دهد بنابراین توضیح، چون همه قضات در جمهوری اسلامی مأذون و منصوب هستند استقلال آن ها كامل و مطلق نیست بلكه محدود و محصور در چهارچوب قوانین موضوعه می باشد یعنی حكومت هر نوع قانون وضع و تصویب كند و در اختیار قاضی بگذارد او موظف است براساس آن قوانین پرونده ها را بررسی و حكم مقتضی را از آن قوانین استخراج و رأی صادر نماید و نمی تواند با نظر شخصی خود حكم صادر كند چنانكه در بررسی اصل ۱۶۵ قانون اساسی یكی از خبرگان مجتهد قانون اساسی می گوید:« اگر قاضی منصوب است پس مستقل نیست» بنابراین، ردّ برخی از قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی به وسیله شورای نگهبان با استناد به استقلال قاضی در بعضی موارد مانند قانون هیأت منصفه و امثال آن، استناد شرعی نمی تواند داشته باشد زیرا قضات ما منصوب، مأذون و مشروطند در برابر قانون مصوب استقلال ندارند و قضات مأذون تابع هر نوع قانونی هستند كه حكومت برای آنان تعیین كند و نه اینكه قوانین تابع استقلال آنان باشد، امكان تجدیدنظر و نقض حكم قاضی بدوی نیز بر همین اساس است و اگر استقلال قاضی ملاك بود حكم او به وسیله قاضی دیگر قابل نقض نمی شد بنابر این، استقلال قاضی در جمهوری اسلامی پذیرفته شده است ولی در این حد كه اوّلا: قاضی طبق اصل ۷۳ در برداشت و تفسیر قوانین مدون بر اساس تشخیص و فهم حقوقی خود مستقل است كسی نمی تواند جلو تشخیص او را بگیرد فهم و نظر خود را بر او تحمیل نماید و ثانیاً: در چهارچوب قوانین موضوعه در برابر حكومت، قدرت و مسؤلان بالاتر قضایی و كسانی كه حقوق، ابلاغ، عزل و نصب قضات و ارتقایشان در دست آن ها است و همچنین در برابر هر مقام و مسئولی، مستقل هستند و هیچ كس نمی تواند او را از حكمی كه بر اساس تشخیص خود صادر می كند باز بدارد و دستور خاصی بر او صادر نماید و خواست خود را بر او القا و تحمیل كند و ثالثاً: طبق اصل ۱۶۴ كسی نمی تواند قاضی را ازمقامی كه شاغل آن است عزل و یا گرچه به طور موقت و یا دایم منفصل كند و یا بدون رضای او محل خدمت و یا سمتش را تغییر دهد و یا پرونده ای را از دست قاضی بگیرد و در اختیار قاضی دیگر بگذارد و از این طریق مسیر پرونده ای را كه در دست او است تغییر دهد مگر با فرایند خاص قانونی » .لذا وقتی سخنگوی قوه قضائیه سخن از اسقلال قاضی در صدور و اجرای حكم رجم به میان می آورد بایستی مشخص كند كه آیا این استقلال برای همه قضات بوده و اگر قاضی این پرونده غیر مأذون باشد چطور توانسته است به حكم و دستور بالاترین رده قوه قضائیه بی اعتنایی كند؟

۶) بر پایه نظریه ولایت مطلقه فقیه، ولی فقیه می تواند بنابر مصلحت بینی خود احکام شریعت (احکام اولیه) را به حالت تعلیق درآورد و مصلحت نظام را بر اجرای شریعت برتر شمارد.بایستی دید آیا قوه قضائیه در مورد تعلیق و توقف اجرای اینگونه از احكام از مقام معظم رهبری به عنوان تنها مسئول تعیین كننده سیاست های كلی نظام و مجمع تشخیص مصلحت نظام استعلامی نموده و نتیجه استعلام چه بوده است؟

۷) بر اساس قانون ، رئیس قوه قضائیه با بینش خویش و با استفاده از اختیارات خاص خود می تواند دستور توقف اجرای چنین احكامی را صادر كند . رئیس قوه قضائیه در بخشی از مقاله ای با عنوان «کاوشی درباره اختیار ولی در عفو کیفرها» که در مجله فقه اهل بیت (ع) به چاپ رسیده است، اظهار داشته است؛ «حکم سنگسار کردن شخص محصن، با اندک چیزی رها و وانهاده می شود».

آیت الله محمود هاشمی شاهرودی معتقد است : «حکم سنگسار کردن با اندک چیزی رها می شود البته حدی کمتر از کشتن برای او اثبات می گردد یعنی مثلاً تازیانه می خورد.» وی افزوده است : «بنابراین طبق یک دیدگاه فقهی، اگر فردی پس از اقرارش به گناه، آن را انکار کند، حکم سنگسارش برداشته شده ولی تازیانه می خورد؛ لذا برخی فقیهان مانند ابن ادریس، اختیار امام را در بخشیدن کیفر، تنها در حد سنگسار می پذیرند.» آیت الله هاشمی شاهرودی در ادامه نوشته است: «البته مشهور فقها بخش حاکم را در مواردی که جرم با اقرار ثابت شود، مقید بدان کرده اند که بزهکار توبه نیز کرده باشد پس بدون توبه عفو جایز نیست. متاخرین از فقها معتقدند همان اقرار بزهکار در جایز بودن بخشش حاکم کافی است.» باید دید قوه قضائیه چه تمهیداتی جهت اتخاذ رویه واحد بین قضات اندیشیده است ؟ باورها و نظرات فقهی و علمی حضرت آیت الله هاشمی شاهرودی چه اندازه در میان قضات این قوه تبیین و تشریح گردیده است؟

۸) دستگاه قضائیه در صدور و حكم احكام الهی تابع فشارهای حقوق بشری نیست و تابع شرع و قوانین كشور است. لذا پیش كشیدن سازمان های حقوق بشر نباید خللی در كار قضایی ایجاد كند ولی طبق نص اسلامی حاكم اسلامی می تواند در مواردی نظر به مصالح نظام اسلامی قوانین اسلامی را معلق سازد. آیت الله شاهرودی در بخش دیگر از این مقاله آورده است : «طبق یک دیدگاه فقهی نگاه به مصلحت مجرم نیز می تواند مانع اجرای حکم سنگسار شود. امام علی (ع) به جوانی که در آستانه حد خوردن بود فرمودند:"می بینم جوانی و بخشیدن تو باکی نیست". گویا حضرت مصلحت جوانی را رعایت کرده بودند.» . لذا باید دید قضات اینگونه پرونده در صدور احكام تا چه اندازه به مصالح و شرایط نظام توجه كافی و وافی دارند؟