نانوذرات از ده ها یا صدها اتم یا مولکول و با اندازه ها و مورفولوژی های مختلف ساخته می شوند. مطالعات نشان می دهند که اندازه ی ذره روی نقطه ی ذوب، انحلال پذیری، ویژگی های نوری، واکنش پذیری شیمیایی، انرژی پیوند بین اتم ها، ساختار بلوری، پهنای خط پلاسمون، شاخص های شبکه، خواص ترمودینامیکی و سینتیکی، نظم ویژه ی سطوح الکترونی و... تأثیرگذار است.