یکی از آثار ماندگار و جاودانه علامه طباطبایی ، کتاب شریف تفسیر المیزان فی تفسیر القرآن است که آیت الله جوادی آملی درباره آن می فرماید: المیزان در میان تفاسیر چون کتاب قیم جواهر الکلام است در بین کتاب های فقه که هم کمبود گذشتگان را جبران نمود و هم زمینه تحقیق آیندگان را فراهم کرد. (شناختنامه علامه طباطبایی، ج ۲، ص ۷۳)

یکی از ویژگی های مهمی که باعث برتری کتاب تفسیرالمیزان بر دیگر کتب تفسیری شده است، شیوه و سیره تفسیری علامه طباطبایی در سرتاسر این کتاب ارزشمند است که از آن به تفسیر قرآن به قرآن یاد می شود و در نوع خود، کم نظیر یا حتی به تعبیر برخی بی نظیر است. شیوه ای که علامه در تفسیر شریف المیزان از آن بهره گرفته، شیوه تفسیر قرآن به قرآن است یا همان تفسیر آیات به آیات. بدین معنا که قرآن را با خود قرآن تفسیر می کند. این شیوه هر چند میان مفسران چنان که گفته شد، کم نظیر یا بی نظیر است، اما با این حال در صدر اسلام و در دوران ائمه معصومین(ع) سابقه داشته است؛ به گونه ای که پیامبر اسلام(ص)، اولین پرچمدار این روش بوده که در تفسیر بعضی آیات از آیات دیگر کمک می گرفته است یا حضرت علی(ع) نیز وقتی در نهج البلاغه قرآن را توصیف می کند، می گوید: بعضی از آیات به وسیله بعضی دیگر به سخن می آیند و بعضی بر بعضی دیگر شهادت می دهند و حتی بعدها نیز مفسّرانی همچون زمخشری، محکم ترین معانی قرآن را آن دانستند که از خود قرآن فهمیده شود؛ هر چند این راه، ادامه دار نبود، اما علامه در دوره معاصر و در طول حدود ۲۰ سالی که این تفسیر را نوشتند، این مساله را رعایت کرده و منهج ائمه معصومین(ع) در به کارگیری این شیوه از تفسیر را رعایت کردند.

اما پرسش مهم این است که چرا با توجه به این که پیش از علامه هم چنین شیوه ای از تفسیر رایج بوده یا در میان برخی مفسران وجود داشته است، علامه می گوید تفسیر من، قرآن به قرآن است؟ آیت الله استادی پاسخ روشن و قانع کننده ای برای این پرسش دارند. این که علامه طباطبایی، عنایت بسیار فراوانی روی این روش داشته است، اما در تفاسیر دیگر شاید چند مورد بیشتر پیدا نکنیم که از این روش استفاده کرده باشند. به تعبیر ایشان، بنای تفسیرالمیزان بر این است که در هر آیه، چنین روشی پیاده شود؛ بنابراین می توان گفت پایبندی علامه به این روش در طول تفسیرالمیزان باعث شده تفسیر ایشان به این عنوان، یعنی تفسیر قرآن به قرآن شهره گردد. به هر حال، می توان ادعا کرد که شاید اساس این شیوه، همان باشد که قرآن کریم نیز بدان اشاره می کند: آیات قرآن، محکمات و متشابهاتی دارد... . در نتیجه، این اسلوب ایجاب می کند که بعضی از قرآن، بعضی دیگر را تفسیر کند و یک مفهوم در مجموعه ای از آیات و مناسبت ها تعریف و تبیین شود.

علامه طباطبایی نیز این اسلوب زیبا و روش نمونه در تفسیر را اساس کار خود در بیان معانی آیات قرار داده و در این تفسیر به گونه ای، روش قرآنی را پیش گرفته که بیشترین استناد و استنباط از آیات و تعمق و تدبر در آنها برای کشف معانی قرآن و آگاهی از مضامین یا مفاهیم آن را داشته است. به گونه ای که خود علامه طباطبایی، روش خود در تفسیر را چنین بیان می کند: تفسیر آیات با تدبر و دقت در آنها و در آیات دیگر و با استفاده از احادیث، روش اساسی ای است که ما بدان تمسک جسته ایم و این همان روشی است که پیغمبر اکرم(ص) و اهل بیت او در احادیث خود بدان ترغیب نموده اند. (قرآن در اسلام، ص ۶۵) همچنین ایشان در جای دیگری و در مقدمه کوتاه خود بر کتاب شریف تفسیرالمیزان درباره روش تفسیری خود می نویسد: روشی که ما در پیش گرفته ایم، این است که قرآن را با قرآن تفسیر کنیم و آیه را با تدبر در نظیر آن روشن کنیم و مصادیق را به وسیله خواصی که خود آیات به دست می دهند، بشناسیم. در ادامه، ایشان با بیان آیه شریفه ۸۹ سوره نحل: انا انزلنا علیک الکتاب تبیاناً لکل شی می فرماید: چگونه می شود پذیرفت که قرآن، بیان همه چیز باشد و بیانگر خودش نباشد.

بنابراین می توان از فرمایش های علامه طباطبایی چنین برداشت کرد که نقطه اوج کتاب المیزان، شیوه تفسیر قرآن به قرآن موجود در آن است که علامه به شایستگی از عهده آن بر آمده است. علاوه بر این ویژگی ممتاز در تفسیر شریف المیزان، یکی دیگر از مختصات بارز آن، اهتمام و توجه گسترده به نقل احادیث و اخبار صحیح از پیامبر و ائمه معصومین(ع) است، به گونه ای که در این تفسیر، پس از نقل آیات و توضیح لغوی و ادبی بیان مراد هر آیه با شیوه قرآن به قرآن، فصلی تحت عنوان بحث روایی دارد که علامه طباطبایی به نقل و نقد تیزنگرانه روایات در پرتوی قرآن پرداخته و از این راه به تبیین و تفسیر احادیث در پرتوی قرآن دست زده است. این ویژگی، چنان در این بزرگوار برجسته می نماید که یکی از شاگردان بزرگ علامه نقل می کند علاوه بر این که استاد بزرگوار ما در هر آیه به آیات مشابه استدلال می کرد، خداوند این خصیصه بزرگ را هم به ایشان عنایت فرموده بود که تأویل حدیث می کرد. گفتنی است خصیصه تأویل احادیث، یکی از معجزات حضرت یوسف صدیق است. تأویل حدیث، یعنی روایت و حدیث را به ریشه اش برگرداندن. به تعبیر شاگرد علامه، ایشان تأویل حدیث داشتند؛ یعنی روایاتی را که از بیت رسول الله صادر شده بود به قرآن باز می گرداندند و این کمال عجیبی بوده است که غیر از ائمه، در دیگر صلحا و فقها به حدی که علامه طباطبایی در این ارتباط علم داشت، کسی نداشته است.

از دیگر ویژگی های تفسیر قرآن به قرآن علامه طباطبایی می توان به مواردی همچون شناسایی آیات کلیدی و ریشه ای در قرآن اشاره کرد، به گونه ای که در پرتوی آن آیات کلیدی، درهای بسیاری از آیات دیگر گشوده و با شناخت آن آیات ریشه ای این شجره طوبی، تفسیر بسیاری از آیات شاخه ای روشن می شود، در ضمن جداسازی آیات ریشه ای که ظواهر را تغذیه می کند از آیات کلیدی که بواطن قرآن را می گشاید و همچنین شناسایی آیات زیربنایی و آشنایی با آیات روبنایی و کیفیت ظهور آن آیات پایه ای در این آیات و نحوه رجوع این آیات روبنایی به آن آیات. (آیت الله جوادی آملی در شناختنامه علامه طباطبایی، ج ۳، ص ۲۹۱ و ۲۹۲)