نام مسجدالاقصی از آیه ی اول سوره ی مبارکه ی اسراء (بنی اسرائیل) اخذ شده است:

سُبْحَانَ الَّذِی أَسْرَی بِعَبْدِهِ لَیْلاً مِّنَ الْمَسْجِدِ الْحَرَامِ إِلَی الْمَسْجِدِ الأَقْصَی الَّذِی بَارَکْنَا حَوْلَه...

ترجمه ی تحت اللفظی مسجدالاقصی ، "مسجد دور تر " است.

اکثر مفسران نیز گفته اند که منظور از آن، مسجدی است که در حوزه ی عبادتگاه بیت المقدس ساخته شده است.

ملا حسین کاشفی از مفسران قرآن نیز در تفسیر این لغت می گوید: «مسجد دور تر از اهل مکه»

با دقت در این کلام چنین بر می آید که اقصی را به معنی دور تر با مستتر شدن جمله ی (از اهل مکه) در نظر گرفته است. که البته با توجه به مقیاس حرکت وسایل نقلیه و معیار مسافت ها ی آن زمان و محدود بودن تعداد مساجد روی زمین، در حقیقت مسجد بیت المقدس دورترین مسجد نسبت به مسجدالحرام (درمکه) بوده است، به شرحی که ابوبکر عتیق نیشابوری در حدیث معراج می گوید، طی کردن مسافت بین مکه و بیت المقدس در آن زمان یک ماه طول می انجامید.

نظریه ی دیگر در وجه تسمیه مسجدالاقصی به لسان قرآن از توجه به جنبه ترکیب نحوی آیه است: چرا در آیه ی مبارکه، کلمات "المسجد" و "الاقصی" هر دو با "ال" ذکر شده اند ؟ اگر "ال" را در مسجد، ال معرفه و تعریف بگیریم اینطور نتیجه گرفته خواهد شد که این مسجد قبلا در قرآن مورد گفتگو قرار گرفته و از نظر گوینده یا شنونده و به طور کلی در میان مردم در زمان نزول قرآن معروف بوده است و کلمه ی مسجد گر چه لغت عربی است ولی چون قبل از اسلام متداول نبوده بنا بر این به همان معنی عام خود یعنی سجده گاه معهود تلقی می گردد و می دانیم که در صدر اسلام و در زمان نزول این آیه چنین محل سجده و عبادتی دور از مسجدالحرام که در میان مردم زمان معروف و شناخته شده بود همان عبادتگاه بیت المقدس بوده است.

ثانیا قابل توجه است در حالی که در نقاط دیگر قرآن در یک بیان عام از این محل با کلمه "مقدس" تعبیر و یاد شده است ولی در اینجا با لغت خاصی که حاکی از یک بعد مکانی است توصیف و بیان شده است.

به نظر می رسد که علت بیان مسجد را در این آیه با صفت اقصی باید در رابطه با جمله "اسری بعبده" جستجو کرد زیرا هدف نشان دادن و مجسم ساختن اهمیت و عظمت حرکت پیغمبر (ص) در آن سیر شبانه بوده است که در معیار سنجش ها ی زمانی و مکانی بشر، امر خارق العاده ای می باشد به همین دلیل مثلا به جای جمله ی " من المسجدالحرام الی المسجدالمقدس الذی بارکنا حوله..." که در رابطه با نحوه ی بیان قرآن در سایر نقاط عادی به نظر می رسد فرموده است: " من المسجدالاحرام الی المسجدالاقصی الذی بارکنا... "

به هر حال آنچه امروز به طور عینی به نام مسجدالاقصی مشهود است مسجدی است که در شهر بیت المقدس و در جنوب حرم شریف واقع است که البته در بیان قرآن و حتی دربیان مردمان، منظور از مسجدالاقصی تنها ساختمان اصلی مسجد نیست بلکه منظور حتی صحن حرم الشریف و مجموعه ی اماکن مقدسه واقع در آن نیز می باشد.

شعرای ایرانی نیز در اشعار خود برای ارائه معیاری جهت ابراز تقدس و عظمت معنوی، به مسجدالاقصی تمسک جسته اند:

بگردانم ز بیت الله قبله به بیت المقدس و محراب قبله خاقانی

آستان حضرتش را از شرف صخره و محراب اقصی دیده ام خاقانی

چو مرغی از مدینه پر بریده به اقصی الغایت اقصی رسیده نظامی