تبلیغات شدید عوامل داخلی استعمار علیه آیت الله كاشانی سبب گردید تا وجهه سیاسی او در جامعه مخدوش شود و قدرت و نفوذ خود را از دست بدهد. پس از كودتای آمریكایی ۲۸ مرداد ۱۳۳۲ و آغاز مجدد استبداد و خفقان در كشور بتدریج هر گونه تحرك سیاسی متوقف گردید و مخالفان سیاسی قلع و قمع شدند. شاه پس ازتثبیت پایه های قدرتش روابط همه جانبه ایران، با امریكا، انگلستان و اسرائیل را گسترش داد. پس از تشكیل ساواك (سازمان اطلاعات و امنیت كشور)، موساد ( سازمان اطلاعات و امنیت اسرائیل) به تدریج وظیفهٔ سازماندهی و آموزش نیروهای ساواك را بر عهده گرفت كه این روند تا پایان حكومت شاه ادامه داشت؛ علاوه بر آن روابط اقتصادی، نظامی و فرهنگی دو كشور نیز روز به روز گسترش یافت. ۵۷

دولت اسرائیل كه از نفرت و انزجار مردم مسلمان ایران نسبت به خود اطلاع داشت درصدد برآمد تا ضمن تحكیم و گسترش روابط همه جانبه با رژیم شاه، در میان گروه های مختلف اجتماعی به ویژه روشنفكران، دانشگاهیان، دانشجویان و دست اندركاران مطبوعات نیز هوادارانی به دست آورد. از این رو سفارت اسرائیل همكاری نزدیكی با رهبر و اعضای فعال نیروی سوم كه تمایلات ایدئولوژیك به اسرائیل داشتند آغاز كرد و از سال ۴۰ به بعد گروهی از اعضای نیروی سوم و نیز دهها نفر از دانشجویان دانشگاه تهران برای دیدار از پیشرفت های اقتصادی اسرائیل با بورس آن كشور، روانه اسرائیل شدند كه تا چند سال بعد این روند ادامه داشت. ۵۸ علاوه بر آن بسیاری از مقامات ارشد لشكری و كشوری به هزینهٔ آن كشور به اسرائیل رفتند.

امام خمینی (ره) پس از غائله انجمن های ایالتی و ولایتی در سخنرانی ها و پیام ها ی خود همه جا خطر اسرائیل را برای جهان اسلام بر شمرد و روابط گسترده آن كشور را با رژیم شاه به شدت محكوم نمود و بهائیان را «عمال اسرائیل» نامید. در بیاناتی كه به مناسبت چهلم فاجعهٔ مدرسهٔ فیضیه (اردیبهشت ۱۳۴۲) ایراد كرد، رژیم شاه را «دست نشاندهٔ اسرائیل» دانست و از سكوت علما به شدت انتقاد نمود و فرمود:

«وای بر این مملكت، وای بر هیأت حاكمه، وای بر این دنیا، وای بر ما، وای بر این علمای ساكت، وای بر این نجف ساكت، این قم ساكت، این تهران ساكت. این مشهد ساكت، این سكوت مرگبار، اسباب این می شود كه این مملكت و این نوامیس، زیر چكمهٔ اسرائیل و به دست همین بهایی ها پایمال شود. وای بر ما، وای بر اسلام، وای بر مسلمین....» ۵۹

پیش از فرا رسیدن ماه محرم ۱۳۴۲، رژیم كه از حملات سخت امام و وعاظ در منابر به شدت نگران بود بسیاری از وعاظ را به ساواك احضار كرد و آنان را ملزم نمود كه علیه شاه و اسرائیل در منابر و محافل سخنی نگفته و نیز نگویند كه اسلام در خطر است! امام پس از اطلاع این اقدام رژیم، در اعلامیه ای كه «خطاب به وعاظ و گویندگان و هیآت مذهبی» صادر كرد، التزامات ساواك را غیر قانونی و بی اثر و التزام گیرندگان را مجرم و قابل تعقیب دانست و بار دیگر خطر اسرائیل و بهائیان را گوشزد كرد:

«دستگاه جبار با تمام قوا با اسرائیل و عمال آنها همراهی می كند. تبلیغات را به آنها سپرده و در دربار، دست آنها باز است. در ارتش و فرهنگ و سایر وزراتخانه ها برای آنها جا باز نموده و شغل های حساس به آنها داده اند.»

امام در پایان از وعاظ خواست تا علیرغم میل رژیم «خطر اسرائیل و عمال آن را» به مردم تذكر دهند و اظهار حقایق نمایند، زیرا «سكوت در این ایام، تأیید دستگاه جبار و كمك به دشمنان اسلام است.» ۶۰

امام در سخنرانی معروف و تاریخی روز عاشورای سال ۱۳۴۲، فاجعهٔ مدرسه فیضیه را به تحریك اسرائیل دانست و رژیم شاه را دست نشانده آن كشور معرفی كرد و فرمود:

«اسرائیل نمی خواهد در این مملكت علمای اسلامی باشند، اسرائیل نمی خواهد در این مملكت احكام اسلام باشد... اسرائیل به دست عمال سیاه خود مدرسهٔ فیضیه را كوبید، ما را می كوبد، شما ملت را می كوبد. ... برای اینكه اسرائیل به منافع خودش برسد، دولت ایران به تبعیت از اغراض و نقشه های اسرائیل به ما اهانت كرده و می كند..»

سپس با اشاره به التزام گرفتن ساواك از وعاظ كه از شاه و اسرائیل بدگوئی نكرده و نگویند كه اسلام در خطر است اظهار داشت:

«تمام گرفتاری ها و اختلافات، در همین سه موضوع نهفته است:... اگر ما نگوییم اسلام در خطر است آیا در معرض خطر نیست؟ اگر ما نگوییم شاه چنین و چنان است آیا آن طور نیست، اگر ما نگوییم اسرائیل برای اسلام و مسلمین خطرناك است آیا خطرناك نیست؟ و اصولاً چه ارتباطی و تناسبی بین شاه و اسرائیل است كه سازمان امنیت می گوید از شاه صحبت نكنید و از اسرائیل نیز صحبت نكنید؟ آیا به نظر سازمان امنیت، شاه اسرائیلی است».۶۱

به دنبال این بیانات انقلابی، امام خمینی در شب ۱۵ خرداد دستگیر و به مدت ده ماه زندانی گردید. پس از آزادی از زندان امام در سخنرانی ها و اعلامیه های خود بار دیگر خطر اسرائیل را برای ایران و اسلام برشمرد. در نخستین سخنرانی خود پس از آزادی در جمع گروهی از دانشجویان دانشگاه تهران فرمود: «هدف [تحقق] اسلام است، استقلال مملكت است، طرد عمال اسرائیل است، اتحاد با كشورهای اسلامی است...» ۶۲ در سخنرانی دیگری كه در تاریخ ۲۶ فروردین ۱۳۴۳ ایراد نمود از اعزام دانشجویان و كارشناسان ایرانی به اسرائیل به شدت انتقاد كرد و مخالفت خود، روحانیت و مردم ایران را نسبت به هم پیمانی شاه با اسرائیل اعلام داشت. ۶۳

پس از تبعید امام به عراق (آبان ۱۳۴۳)، ایشان در اغلب اعلامیه ها و نامه ها و سخنرانی های خود خطر اسرائیل را برای همهٔ مسلمانان جهان یادآور می شد. در خرداد ماه ۱۳۴۶ به مناسبت حملهٔ غافلگیرانه اسرائیل به كشورهای مصر، سوریه و اردن، طی اعلامیه ای هجوم اسرائیل را محكوم كرد و هرگونه رابطهٔ سیاسی، نظامی و اقتصادی با آن كشور را حرام دانست و مسلمانان را از خرید و فروش اجناس اسرائیلی برحذر داشت۶۴. مراجع شیعه عراق و ایران و آیات عظام: حكیم، شیرازی، میلانی، مرعشی نجفی، گلپایگانی، شریعتمداری، بهبهانی و نیز فضلا و طلاب حوزه های علمیه قم نیز با صدور اعلامیه هایی، تجاوز اسرائیل را محكوم و همدردی خود را با ملت ها و دولت های عرب درگیر در جنگ اعلام داشتند و از مردم مسلمان ایران خواستار كمك به برادران مسلمان عرب شدند و شماره حساب هایی نیز به منظور جمع آوری كمك های نقدی مردم اعلام كردند. ۶۵

به دنبال محكومیت آشكار تجاوز اسرائیل به كشورهای عربی همسایه توسط مراجع و علمای ایران و نیز احساسات شدید ضد اسرائیلی مردم كشور در حمایت از دولت ها و ملت های مسلمان عرب درگیر در جنگ، رژیم شاه ناگزیر طی اطلاعیه ای خواستار تخلیه سرزمین های اشغالی اعراب توسط اسرائیل و اجرای قطعنامه های سازمان ملل در مورد آوارگان فلسطینی گردید. در ضمن بر اصل استقلال و حاكمیت سیاسی اسرائیل نیز تأكید نمود. ۶۶

دو سال بعد كه رژیم اسرائیل مسجد الاقصی را به آتش كشید با مخالفت شدید امام و برخی از مراجع و علما و مجامع مذهبی ایران و عراق مواجه شد. در مصاحبه ای كه امام در اول آبان ۱۳۴۸ برابر با ۲۳ اكتبر ۱۹۶۹ با روزنامه الجمهوریه عراق انجام داد. ضمن بی حاصل خواندن كنفرانس سران كشورهای اسلامی كه در شهر رباط مراكش برگزار شد، آن را در راستای كمك و حمایت از اقدامات اسرائیل ارزیابی نمود و با اشاره به آتش سوزی مسجدالاقصی اظهار داشت:

«... تا زمانی كه فلسطین اشغال شده، آزاد نشده است، مسلمانان مسجدالاقصی را نباید تجدید بنا كنند. بگذارند جنایت صهیونیسم در برابر چشمان مسلمانان مجسم باشد و مایه حركتی برای آزادی فلسطین گردد.» ۶۷

در سال ۱۳۵۰ و همزمان با برگزاری جشن های ۲۵۰۰ سالهٔ شاهنشاهی امام خمینی طی سخنانی كه در نجف اشرف ایراد كرد بار دیگر بر روابط فزایندهٔ رژیم شاه و اسرائیل حمله نمود:

«كارشناس های اسرائیل برای این تشریفات دعوت شدند. به طوری كه خبر شدم و نوشتند به من، كارشناس های اسرائیل مشغول به برپا پاداشتن این جشن هستند و این تشریفات را آنها دارند درست می كنند. این اسرائیل كه دشمن اسلام است و الآن در حال جنگ با اسلام است. این اسرائیل است كه مسجدالاقصی را خراب كرد و دیگران می خواستند ترمیم كنند و روپوشی كنند جرم اسرائیل را ... از قراری كه در رادیوهای دنیا گفته شده است، كشتی نفت ایران برای اسرائیل كه در حال جنگ با مسلمین است، رفته است.» ۶۸

دو روز پس از شروع جنگ چهارم اعراب و اسرائیل كه در مهر ماه ۱۳۵۲ روی داد و كشورهای عربی در ابتدای پیروزی های نظامی چشمگیری به دست آوردند امام دو پیام مهم از نجف خطاب به ملت ایران و دول و ملل اسلامی فرستاد. در این پیام امام از عموم دولت های مسلمان، به ویژه دولت های عربی خواست تا به یاری دولت های عرب درگیر در جنگ برخیزند و برای آزادی فلسطین در این «جهاد مقدس» شركت كنند، از قدرت پوشالی حامیان صهیونیسم و اسرائیل نهراسند و به توصیه های سازمان های جهانی وابسته به قدرت های استعماری برای آتش بس اعتنا نكنند و باتوكل به خداوند، بردباری و استقامت ورزند. همچنین از عموم ملت های مسلمان درخواست نمود تا با كمك های مادی و معنوی، به یاری برادران مسلمان خود بشتابند و دولت ایران را وادار سازند تا در كنار كشورهای اسلامی علیه اسرائیل پیكار كند. ۶۹ مراجع و علمای ایران و عراق حضرات آیات : خویی، گلپایگانی، شریعتمداری و روحانی با صدور اعلامیه هایی این تجاوز را محكوم كرده و با ملل و دول عرب درگیر در جنگ ابراز همدردی نموده و خواستار كمك های مردم مسلمان ایران به آنان شدند. ۷۰

مخالفت شدید امام با اسرائیل و محكومیت همكاری و هم پیمانی رژیم شاه با آن كشور، انقلابی ترین و مستمرترین موضع گیری علمای شیعه در مقابل پدیدهٔ صهیونیسم و اسرائیل بود. از آن پس مخالفت با حضور اسرائیل در كشور و منطقه، از موضوعات عمدهٔ وعاظ و روحانیون انقلابی گردید. ۷۱

در همان سال ۱۳۴۲ حجت الاسلام هاشمی رفسنجانی برای اطلاع مردم كشور از سرنوشت مردم مظلوم فلسطین و خطر صهیونیسم، كتاب تكان دهندهٔ القضیه الفلسطینیه را از زبان عربی، تحت عنوان سرگذشت فلسطین یا كارنامهٔ سیاه استعمار ترجمه و منتشر كرد ۷۲ كه با استقبال فراوان مردم مواجه شد و بارها به چاپ رسید. وی همچنین در اغلب سخنرانی های خود به بیان جنایات اسرائیل در فلسطین و ابعاد خطرناك سلطه طلبی آن رژیم در منطقه می پرداخت. ۷۳