سابقه روابط بهاء و میرزا آقاخان، به دوران پدرشان بر می گردد. میرزا عباس نوری ، پدر حسینعلی بها با نویسندگی در دفتر لشکر (اداره حسابداری وزارت جنگ) که ریاست آن با میرزا اسد الله خان نوری، پدر میرزا آقاخان بود، راه را برای تعامل فرزندش با صدر اعظم آینده ایران باز کرد. بعدها هم میرزا آقاخان نوری به جرم این که دردستگاه میرزا آقاسی ایجاد فتنه می کند، توسط وی تنبیه بدنی و جریمه مالی و به کاشان تبعید شد و چون توان پرداخت وجه را نداشت ، بها به کمک او آمد و پول لازم را برای او تهیه کرد و در طول تبعید نیز به وی کمک مالی داد.

بهائیان ادامه بابیه بودند که توسط امیر کبیر به شدت گوشمالی دیده بودند. مهدی بامداد، یکی از اقدامات امیرکبیر در زمان صدارت را، در کنار «اصلاح امور مالیاتی ـ ارتش ـ تنظیم بودجه و تعدیل جمع و خرج مملکتی»، «قلع و قمع فتنه تجزیه طلبانه حسن خان سالار در خراسان»، «برافراشتن بیرق ایران در ممالک خارجه»، «تأسیس دارالفنون» و «ایجاد روزنامه وقایع اتفاقیه»، «فرونشاندن انقلاب بابیان» می داند و با اشاره به «شورش ها و انقلابات خونین» پیروان باب در ابتدای سلطنت ناصرالدین شاه در کشور می نویسد: «اگر عرضه، کفایت، درایت، لیاقت و مدیریت... امیرکبیر در امور نبود غائله و دامنه شورشها به این زودی ها خاموش نمی شد و در این صورت حتمی بود که وضع دولت و ملت ایران دگرگون می گردید» دکتر عبدالحسین نوایی نیز نقش امیر در سرکوبی بابیه را بسیار تعیین کننده می داند و معتقد است میرزا تقی خان... با قتل باب در تبریز و سرکوب کردن فتنه زنجان و نی ریز، بساط باب را در ایران واژگون ساخت و نگذاشت که ریشه فساد بیش از این در این سرزمین جایگیر گردد.نقش بی مانند امیر در سرکوب شورش بابیان، مورد تأیید و تصریح اکثریت قریب به اتفاق مورخان است.

گویا باب و افرادش همگی در صدد تغییر رژیم قاجاریه بوده و به جای آن، تمامی قوای خود را مصروف برپا شدن حکومت خود بیان کرده بودند و بی شک اگـر امـیـرکـبـیر نبود مسلماً به مقصود خود می رسیدند.

به هر روی بابیان به دلیل انحرافاتی که در دین ایجاد می کردند، با اقدام مردانه و به موقع امیر کبیر سرکوب شدند و رهبرشان، علی محمد که دستگیر و در قلعه چهریق آذربایجان به بند کشیده شده بود، پس از سرکوبی طرفدارانش از چهریق به تبریز آورده شد و پس از مناظره ای که با علمای تبریز کرد و ناصرالدین شاه هم در جلسه حضور داشت و در آن زمان ولیعهد بود و پاسخ های کودکانه ای که به مناظره کنندگان داد، چاره را در تسامح دید و توبه نامه ای نوشت و تمام ادعاهای خود را پس گرفت و در روز دوشنبه ۲۷ شعبان ۱۲۶۶ تیر باران شد.

پس از این واقعه یحیی نوری ملقب به صبح ازل جانشین او شد. وی با برادرش میرزا حسین علی، معروف به بهاءاللَّه به عراق تبعید شدند. در عراق بین این دو برادر اختلاف افتاد و هر کدام خود را جانشین علی محمد باب معرفی کردند.دولت عثمانی این دو را به قبرس و فلسطین تبعید کرد. عباس اقبال در این باره در تاریخ ایران(۸۲۳) می گوید:«.....بین پیروان او بر سر جانشینی باب اختلاف شد.

جمعی قلیل جانب میرزا یحیی معروف به صبح ازل را گرفتند و طایفه ای دیگر که اکثریت یافتند، تابع میرزا حسینعلی بهاءالله شدند و این دو تن از اهل نور مازندران و از طرف پدر، برادر یکدیگر بودند و ابتدا نیز با هم موافقت داشتند، لیکن کمی بعد بین ایشان رقابت در گرفت و اتباع بهاءالله یعنی بهائیه به دشمنی با پیروان صبح ازل یعنی ازلیه قیام نمودند و ازلیان در اقلیت افتادند.»از نامه سلیمان خان تبریزی (از عناصر مهم بابیه) پس از تبعید امیرکبیر به کاشان خطاب به سید جواد کربلایی (یکی از سرکردگان بهایی) برمی آید که بابیان به حکومت میرزا آقاخان خوش بین بودند و صدارتش را مایه پـیـشـرفـت کـارشـان مـی شـمـردنـد.

سـلـیـمان خان می نویسد: «امیرنظام بحمدالله تمام شد، معزول ابدی گردید. الان در باغ فین کاشان محبوس است. میرزا آقا خان اعتمادالدوله وزیر و صدراعظم گردید. ان شاء الله امورات بهتر نظم خواهد گرفت. البته جناب ایشان (حسینعلی نوری) باید خیلی زود تشریف فرما شوند که وجود مبارک ایشان مثمر ثمر است»

نقش فعال میرزا حسینعلی در اقدامات بابیان و تصمیم جدی امیرکبیر برای فرونشاندن قیام ها و شورش های آنان موحب شد که وی از میرزا حسینعلی بخواهد ایران را به قصد کربلا ترک کند و او در شعبان ۱۲۶۷ به کربلا رفت اما چند ماه بعد، پس از برکناری و قتل امیر کبیر،در ربیع الاول ۱۲۶۸، و صدارت یافتن میرزاآقاخان نوری، به دعوت و توصیه شخص اخیر به تهران بازگشت. در شوال ۱۲۶۸، حادثه تیراندازی دو تن از بابیان به ناصرالدین شاه پیش آمد و بار دیگر به دستگیری و اعدام بابی ها انجامید.

از نظر حکومت مرکزی، قرائن و شواهدی برای نقش میرزا حسینعلی نوری در طراحی این سوء قصد وجود داشت که به دستگیری او اقدام شد.وی در نامه معروف به لوح شیخ از مداخله در آن تبری جسته و حتی ادعا کرده که در زندان به احوال وحرکات حزب بابی می اندیشیده و قصد اصلاح و تهذیب آنان را داشته است. با این همه، بهاءالله احتمالاً به منظور مصون ماندن از تعقیب و دستگیری، که چه بسا به اعدامش می انجامید، مدتی در مقر تابستانی سفارت روس در زرگنده شمیران به سر برد و بنابر منابع بهائی، به رغم اصرار سفیر روس بر ادامه اقامت وی در آنجا و امتناع از تسلیم او به نمایندگان شاه، سرانجام سفیر از وی خواست که به خانه صدراعظم برود و به قول شوقی افندی در قرن بدیع(ج ۱،ص ۳۱۸): «ضمناً از مشارالیه (میرزا آقاخان نوری، صدراعظم ) به طور صریح و رسمی خواستار شد، امانتی را که دولت روس به وی می سپارد در حفظ وحراست او بکوشد و اگر آسیبی به بهاءالله برسد وحادثه ای رخ دهد شخص صدراعظم مسئول سفارت روس خواهد بود.»

توجه خاص سفیر روس به سرنوشت باب و بابیان، موجب شد که وی بعد از تسلیم میرزا حسینعلی به صدراعظم، هم چنان مراقب کار باشد و با پیگیری موضوع و «پیغام شدید»، موجبات رهایی او را از زندان فراهم آورد. میرزا حسینعلی به دستور حکومت ایران، باید تهران را به مقصد بغداد ترک می گفت. سفیر روس از وی خواست که به روسیه برود و دولت روس از او پذیرایی خواهد نمود، اما او نپذیرفت.

هنگام سفر تبعید نیز نماینده ای از سوی سفارت روس همراه کاروان بود با بیان دیگر نیز ناگزیر از ترک تهران و رفتن به بغداد شدند. منابع بهائی توجه دولت روس به سرنوشت میرزاحسینعلی نوری را به علاقه خاص دختر سفیر روس به وی پیوند می دهند.