سیر از مدت ها پیش، برای کاربردهای پزشکی مورد استفاده قرار گرفته است و بیشترین مورد استفاده آن در سال های اخیر برای موارد قلبی عروقی و خاصیت ضد میکروبی آن بوده است.

سیر هزاران سال برای اهداف پزشکی مورد استفاده داشته، این گیاه حداقل۳۰۰۰ سال در طب چین کاربرد داشته است. مصریان، بابلی ها، یونانی ها و رومی ها از سیر برای موارد شفابخش استفاده می کرده اند.

در جنگ های جهانی اول و دوم نیز از سیر بعنوان ماده ضد عفونی کننده برای پیشگیری از قانقاریا استفاده می شده است.

در طول تاریخ، سیر در سراسر دنیا برای درمان ناراحتی های مختلف شامل فشار خون بالا، عفونت ها و مارگزیدگی ها استفاده شده و برخی فرهنگ ها از آن برای دفع ارواح شیطانی استفاده می کردند.

در حال حاضر از سیر برای کاهش میزان کلسترول و کاهش خطر بروز بیماری های قلبی عروقی و نیز برای بهره مندی از خواص ضد میکروبی آن استفاده می شود. پیاز ریشه گیاه سیر مصرف پزشکی دارد.

از آن می توان به صورت تازه، خشک و یا روغن گرفته شده استفاده کرد. از آنجا که برخی ترکیبات مفید در این گیاه در اثر حرارت دیده غیر فعال می شوند، لذا سیر پخته قدرت طبی کمتری دارد.

سیر تاکنون در سطح وسیعی در آزمایش های بالینی بر روی حیوانات و انسان و در لوله آزمایش و در بررسی های اپیدمیولوژیک برای خواص چندگانه پزشکی آن مورد مطالعه قرار گرفته است. کیفیت آزمایش ها بر روی انسان متفاوت بوده است که مقایسه را در آزمایش های مختلف دشوار کرده است. در بسیاری از آزمایش های کلینیکی متنوع و اتفاقی تاثیرات سیر برروی سطح لیپید (چربی) مطالعه شده است.

در آزمایشاتی در سال های ۱۹۹۳ تا ۱۹۹۴ صورت گرفت، مشخص شد که مصرف سیر در کاهش سطح کلسترول خون نقش اساسی دارد. بر اساس توصیه های مهم کلینیکی، به بیماران گفته می شود که سیر تاثیر خفیف و کوتاه مدت در کاهش چربی خون دارد. سیر ظاهرا تاثیری بر متابولیسم داروها ندارد، اما بیمارانی که از داروهای ضد انعقاد استفاده می کنند، باید در مصرف سیر احتیاط کنند.

از این رو افرادی که جراحی می کنند باید ۷ تا ۱۰ روز پیش از جراحی از خوردن سیر خودداری کنند چرا که سیر زمان خونریزی را طولانی تر می کند. بیمارانی که سابقه ابتلا به بیماری ترومبوس (تشکیل لخته خونی در عروق یا قلب) را دارند باید بدانند که سیر می تواند تاثیر اندک اما مهم به روی تجمع پلاکت ها داشته باشد. به علاوه باید به بیماران توصیه شود که این گیاه خاصیت کاهش خطر ابتلا به سرطان بویژه سرطان معده و روده را دارد.