به علت نرخ اندک کوشش مالیاتی و میزان بالای فرار مالیاتی در کشور، در اواسط دهه ۱۳۶۰ اخذ مالیات بر ارزش افزوده مطرح شد. در سال ۱۳۶۶، لایحه مالیات بر ارزش افزوده به تصویب مجلس رسید که به صورت نیمه کاره و با تقاضای دولت از دستور کار مجلس خارج شد. با پیشنهاد دپارتمان امور مالی صندوق بین المللی پول در سال ۱۳۷۰ اجرای سیستم مالیات بر ارزش افزوده با هدف اصلاح نظام مالیاتی در دستور کار وزارت امور اقتصادی و دارایی قرار گرفت. هرچند که طبق بخشنامه گمرک کشور و با توجه به تبصره یک ماده ۲۰ قانون مالیات بر ارزش افزوده، از اول مهرماه سال جاری معادل ۵/۱ درصد به عنوان مالیات بر ارزش افزوده کالای وارده از مجموع حقوق ورودی به علاوه ارزش سیف کالا دریافت می شود اما مالیات بر ارزش افزوده هنوز در کشور به مرحله اجرا در نیامده است. به نظر می رسد نگرانی از آثار تورمی اجرای کامل مالیات بر ارزش افزوده و نیاز به بررسی پیامدهای آن مهم ترین دلیل چنین شکاف زمانی باشد. بنابر تجربه کشورهای دیگر درباره تورم زایی مالیات بر ارزش افزوده به وی ژه در کشورهای دارای تورم ساختاری، لازم است اعمال این نوع مالیات بدون شتابزدگی و به صورت تدریجی صورت پذیرد. مالیات بر ارزش افزوده در قالب سه روش تولید، درآمد و مصرف قابل اخذ است. روش اعتباری یا صورتحساب فروش رایج ترین ابزار دریافت مالیات بر ارزش افزوده است.

در این روش، میزان مالیات بر اساس کل صورتحساب های فروش (فاکتور) و با کسر مقدار مالیات پرداختی برای خریدهای واسطه ای محاسبه می شود. البته روش تفریقی نیز برای دریافت این نوع مالیات به کار می رود که در آن هزینه خرید اقلام از درآمد حاصل از فروش آنها کسر و نرخ مالیاتی اعمال می شود. اخذ مالیات بر ارزش افزوده با لایه تولید آغاز و به لایه توزیع ختم می شود؛ یعنی مالیات بر ارزش افزوده از فرایند تبدیل ماده خام و اولیه شروع می شود و در حلقه توزیع خرده فروشی خاتمه می یابد. بدین سان آثار توزیعی مالیات بر ارزش افزوده بنابر نوع کالا می تواند متفاوت باشد. به عبارت دیگر، دولت می تواند با اعمال نرخ های بالاتر برای کالاهای مختص دهک های بالای درآمدی و نرخ پایین تر برای کالاهای غیرتجملی و غیرلوکس، از دهک های پایین درآمدی، مالیات کمتری اخذ کند. از این طریق می توان بنا به نوع کالا از افراد غنی تر مالیات بیشتری گرفت به این صورت که درصد مالیات بیشتری روی کالاهای تجملی و لوکس که بیشتر مورد تقاضای دهک های بالای درآمدی است، وضع نمود و در عوض مالیات کمتری از درآمدهای پایین گرفت. علاوه بر این می توان با پیاده سازی سیستم مالیات بر ارزش افزوده محدوده اخذ مالیات و کوشش مالیاتی را گسترش داد و از این رو از فرار مالیاتی در کشور کاست.

از طرف دیگر اگر مالیات بر ارزش افزوده جایگزین مالیات بر درآمد شود، توان افزایش پس انداز در سطح ملی را خواهد داشت که به افزایش سرمایه گذاری می انجامد. ضمن اینکه با اعمال مالیات بر ارزش افزوده، تجارت بین المللی بر مبنای شفافیت صورت می گیرد. با وجود پیامدهای مثبت بالا، مالیات بر ارزش افزوده پتانسیل ایجاد تورم را نیز دارد و آثار توزیعی، تخصیصی و درآمدی آن باید با دقت بیشتری بررسی شود. چون بسیاری از کالاها و خدمات که قبلا مشمول مالیات نبوده اند در سیستم مالیات بر ارزش افزوده مشمول آن می شوند، بنابراین می توان انتظار داشت که اعمال به ویژه یکباره و فراگیر مالیات بر ارزش افزوده به تشدید تورم بینجامد. طبق تجربیات جهانی، کارشناسان نرخ ۷ درصد را برای این نظام مالیاتی پیشنهاد داده اند که باعث افزایش قیمت ها برای مصرف کننده در حد ۱ /۵ درصد می شود. منتهی باید توجه کرد که در شرایط کنونی، اقتصاد ایران تورم بالای ۲۰ درصد را تجربه می کند و در آینده نزدیک قرار است به دنبال اجرای طرح تحول اقتصادی دولت، یارانه ها به صورت نقدی پرداخت شوند. انتظار می رود آثار تورمی مالیات بر ارزش افزوده بسیار بیشتر از رقم پیش گفته باشد. به این ترتیب آثار توزیعی مثبت این نوع مالیات نیز خدشه دار می شود؛ یعنی به جای اینکه مالیات بر ارزش افزوده به بهبودی توزیع درآمد کمک کند، وضعیت آن را بدتر خواهد کرد.

البته اجرای یکباره و فراگیر مالیات بر ارزش افزوده نسبت به اجرای مرحله ای، لایه ای، بخشی و تدریجی آن، آثار تورمی شدیدتری به همراه دارد. به دیگر سخن بهتر است اعمال مالیات بر ارزش افزوده به صورت طیفی و تدریجی باشد. با وجود اینکه در لایحه مالیات بر ارزش افزوده ۴۸درصد سبد مصرفی متوسط خانوار ایرانی از مالیات معاف هستند و قانون تجمیع عوارض و دیگر مالیات های غیرمستقیم حذف می شوند باز هم اجرای چنین مالیات باید با مطالعه دقیق تر و جامع تری تحقق پذیرد. به ویژه هنگام اجرای مالیات بر ارزش افزوده، بار مالیاتی به دوش مصرف کننده خواهد بود و آثار رفاهی چنین اثری باید مورد توجه قرار گیرد. در صورتی که ساختارهای اقتصادی امکان تعدیل شاخص های قیمتی را برای بنگاه ها به صورت مکرر و بیش از حد (Overindexation) به وجود آورند، مصرف کنندگان زیان مضاعفی را متحمل خواهند شد.