الگوها و برنامه ریزی های جدید در سیستم عامل کارت های هوشمند، سیستم عامل Java Card است. این سیستم عامل توسط شرکت Sun Micro system توسعه داده شده است و بعد از آن در فروم Java Card گسترش یافته است. این سیستم عامل بسیار مورد توجه است زیرا در معماری برای طراحان و برنامه نویسان استقلال و آزادی عمل فراهم می آورد. همچنین برنامه های کاربردی مبتنی بر سیستم عامل جاوا می تواند برای هر کارت هوشمندی که سیستم عامل Java Card را پشتیبانی می کند استفاده گردد.