موزه ها را به شکل های گوناگون طبقه بندی کرده اند، موزه های تاریخ و باستان شناسی، موزه های فضای باز، موزه های مردم شناسی، کاخ موزه ها، موزه های علوم و تاریخ طبیعی، موزه های منطقه ای (محلی)، موزه های سیار (گردشی)، پارک موزه ها، موزه های سلاح (نظامی)، موزه های اندیشمندان (خانه هنرمندان) .

موزه تاریخی و باستان شناسی: این موزه ها دید تاریخی دارند و بیانگر سلسله و دوره های تاریخی هستند. بیشتر این آثار بر اثر کاوش های باستان شناسی به دست آمده اند و بیانگر فرهنگ و تمدن گذشته و تلفیق کننده علم، هنر و دانش یک ملت یا یک قوم هستند. چنین موزه هایی مادر نیز نامیده می شوند. موزه ملی ایران (ایران باستان)، موزه ملی ورسای در فرانسه و موزه تاریخ در واشنگتن از این نوع هستند.

موزه فضای باز: با ایجاد این نوع موزه ها می توان به معرفی یافته ها و داده های مهم باستان شناسی کمک بزرگی کرد. زمانی که یک کاوش علمی باستان شناسی منجر به نتایج مطلوب و کشف آثار ارزشمند غیرمنقول می شود و قابل انتقال به موزه ها نیست، با فراهم آوردن شرایط و امکانات لازم، مکان مورد نظر را جهت بازدید عموم مهیا می کنند. این امر در اصطلاح به موزه فضای باز مشهور است. از جمله این موزه ها می توان به تخت جمشید در شیراز و محوطه تاریخی هگمتانه در همدان اشاره کرد. این موزه ها در دیگر کشور ها مانند چین، یونان و برخی از کشور های اروپایی نیز معمول است. در استان خراسان محوطه تاریخ «بندیان» درگز که دارای گچبری های بسیار زیبایی از دوره ساسانیان است و همچنین محوطه تاریخی «شا یاخ» نیشابور می توانند مکان مناسبی برای این امر باشند.

موزه های مردم شناسی: فرهنگ، آداب و رسوم، اعتقادات، پوشاک و سنن اجتماعی حاکم بر جامعه را نشان می دهند. موزه مردم شناسی تهران و حمام گنجعلی خان کرمان از این نوع هستند.

کاخ موزه ها: بنا یا اثری تاریخی هستند که از گذشتگان به دست ما رسیده و بیانگر وضعیت و نحوه زندگی صاحبان آن است. ممکن است در این بنا اشیای تاریخی و نیز آثار هنری از جمله نقاشی روی دیوار، گچ کاری و... وجود داشته باشد. کاخ موزه ها معمولا در مراکز حکومتی به وجود می آیند. هدف از تاسیس این موزه ها به نمایش گذاشتن اثر و بنای تاریخی و نیز عبرت آموزی است. مجموعه کاخ های سعدآباد تهران و باغ ملک آباد مشهد از این نوع موزه ها هستند.

موزه های هنری: انواع هنرهای تجسمی و تزیینی که از زیبایی شناسی بالایی برخوردارند را به نمایش در می آورند و معمولا بازدید کنندگان زیادی نیز دارند. موزه هنرهای زیبا در تهران و موزه هنرهای تزیینی در اصفهان از این نوع هستند.

موزه علوم و تاریخ طبیعی: تجربه های علمی براساس شواهد و وسایل کاری و تاریخ طبیعی که در برگیرنده گونه های مختلف گیاهی به ویژه جانوران است را به نمایش می گذارند. موزه طبیعی اصفهان و موزه علوم و تاریخ طبیعی مشهد از این نوع هستند. موزه های محلی یا منطقه ای: بیانگر و نمودار فرهنگ یک منطقه یا یک محله خاص هستند و صرفا آثار و اشیای تاریخی همان منطقه را به نمایش می گذارند. موزه شوش، تخت جمشید و موزه توس در خراسان از این نوع هستند.

موزه های سیار: برای پیشبرد سریع اهداف فرهنگی و به دلیل عدم امکانات موجود در مناطق و شهرهای محروم شکل می گیرند. این موزه ها فرهنگ های گوناگون را در مکان های مختلف در معرض دید عموم می گذارند. اگر به این نوع موزه ها توجه کافی شود، بسیار تاثیر گذار خواهند بود.

پارک موزه ها: به دلیل داشتن ابعاد گوناگون علمی و فرهنگی و جاذبه های تفریحی و آموزشی از اهمیت زیادی برخوردارند، چراکه مسایل زیستی و طبیعی را از نزدیک برای مردم به نمایش می گذارند. ویژگی مهم این موزه ها این است که عموم مردم می توانند از دیدن آنها بهره مند شوند. در ایران ایجاد پارک موزه سابقه ندارد ولی در کشورهایی مانند چین و کره شمالی مرسوم است. مکان های فرهنگی، ملی و تاریخی چون آرامگاه فردوسی در مشهد، آرامگاه عطار و خیام در نیشابور می توانند مکان مناسبی به این منظور باشند.

موزه های نظامی: روند تاریخی انواع سلاح های نظامی و جنگی را در معرض دید همگان قرار می دهند. این نوع اشیا شامل لباس های نظامی، رزمی، اسلحه و دیگر وسایل رزمی نیز هستند.

موزه های اندیشمندان: برای ارج نهادن به هنرمندان، نویسندگان، مخترعان و مفاخر جامعه، معمولا پس از در گذشت شان در خانه شخصی شان پدید می آید و در برگیرنده وسایل شخصی، وسایل کار و آثار ایشان است. این موزه ها بیشتر در کشورهای اروپایی مرسوم است. خانه شکسپیر نویسنده مشهور انگلیسی و ادیسون مخترع برق در آمریکا از این نوع است. در ایران هم خانه بزرگ مرد موسیقی «استاد ابوالحسن صبا» تبدیل به موزه شده و دربرگیرنده تابلوهای نقاشی، تالیفات و اموال شخصی وی است.