با سپرى شدن دورهٔ شاه‌عباس بزرگ، موسيقى رونق خود را از دست داد و از موسيقى‌دانان حمايتى نشد. در زمان سلطنت شاه‌ سلطان حسين دورهٔ رواج ادعيه و اوراد و سحر و جادو و خرافات و قدرت و نفوذ متشرعين و فقها و متعصبين مذهبى بود. در اين دوره نه نتها به موسيقى و موسيقى‌دانان توجهى نمى‌شد، بلکه هنر موسيقى نزد مردم قبيح و خلاف شرع به‌شمار مى‌رفت و دست‌اندرکاران موسيقى را مردمى گمراه و بى‌دين و فاسد مى‌دانستند. کار به جايى رسيد که در مجالس عروسى به‌جاى نوازنده و خواننده روضه‌خوان دعوت مى‌کردند و مجالس شادمانى با خواندن روضه برگزار مى‌شد. آثار اين طرز فکر تا اواخر دوره قاجاريه نيز کم و بيش ديده مى‌شود.


دورهٔ نادرشاه نيز به جهت بى‌اعتنايى او به امور هنرى آخرين ضربات به اين هنر ملى وارد آمد. شورش و غلبه افاغنه و تصرف اصفهان و انقراض سلسله صفويه هنرهاى زيبا را در اوج خود متوقف کرد و بسيارى از آثار را خراب و نابود ساخت. به فرمان محمود اصفهان غارت شد و بسيارى آثار زيبا و با عظمت عصر صفوى ويران گرديد و نقاشى‌ها و گنجينه‌هاى هنرى پايمال و نابود شد و اموال مردم به يغما رفت. شيراز نيز به‌دست يغماگران افغان افتاد و بسيارى را به قتل رساندند. با اينکه سلطنت آنان در ايران بيش از هفت سال طول نکشيد اما در همين زمان کوتاه حوادث بسيار روى داد و ستمکارى بى‌شمار شد. ظهور نادر و کشمکش ميان مدعيان سلطنت نيز بر خرابى اوضاع افزود تا اينکه نادر پس از غلبه بر مخالفان و مدعيان سلطنت مالک تاج و تخت ايران گرديد. نادرشاه به علم و ادب و هنر توجه و علاقه‌اى نداشت. بعد از قتل او اوضاع ايران آشفته‌تر گرديد و مدعيان سلطنت به زد و خورد برخاستند و ناامنى و هرج و مرج همه جا را فرا گرفت تا سلطنت ايران کريم خان زند را مسلم گشت. وى در تمام مدت سلطنت خويش در رفاه حال مردم کوشيد. او شخصاً مردى بزرگوار و زنده‌دل و عشرت‌دوست و خوشگذران بود و بر اثر سلامت طبع و آسايش‌طلبى برخلاف نادرشاه به کشور‌گشايى و خونريزى تمايلى نداشت. اين پادشاه وسائل آسايش و خرمى و نشاط مردم را فراهم مى‌کرد. با همهٔ کوشش‌هاى وى در ايجاد آرامش و نشاط مردم در اين دوره کمتر به نام بزرگانى بر مى‌خوريم که در علم و ادب و هنر هم‌پايهٔ گذشتگان باشند و آن گروه که تربيت‌شدگان استادان پيش از اين عهد بودند هيچ‌گاه به مرتبهٔ استادان قديم نرسيده‌اند. تنها در خوشنويسى است که درويش عبدالمجيد طالقانى در نوشتن خط شکسته به مرتبه استادى تمام رسيده است.


در اين دوره موسيقى قديم ايران اصول علمى و روش فنى خود را از دست داده بود و در روش عملى آن نيز ظاهراً اصول و قواعدى که در گذشته لازمه اين فن بود مهجور و فراموش شده بود. در دوره کريم‌خان زند تشويقى که از اهل موسيقى به‌عمل آمد موسيقى بازارى را رونق بخشيد. تنها اقليتى از استادان فن که سنت‌هاى پيشينيان را رعايت مى‌کردند و در حفظ موسيقى کوشا بودند براى جلوگيرى از گسيختگى موسيقى اقداماتى مى‌کردند و کوششى که در حفظ آن به‌عمل آمد از طرف همين علاقمندان به حفظ موسيقى صورت گرفت.


از استادان موسيقى در اواخر عصر زنديه دو تن معروف بوده‌اند که نام و شرح حال آنها را کتاب‌هاى مختلف نوشته‌اند. يکى حکيم و رياضى‌دان و طبيب و شاعر و دانشمند فن موسيقى اواخر سدهٔ دوازده هجرى ميرزا نصير اصفهاني، ديگر مشتاق على‌شاه اصفهانى از مشايخ بزرگ سلسلهٔ نعمت‌اللهى که در حسن صورت و مهارت در نوازندگى سه‌تار شهرت داشته است.


پس از قتل آقامحمدخان، باباخان که دوران ولايتعهدى خود را در شيراز مى‌گذراند به تهران آمد و در ۱۲۱۲ هـ.ق. به‌نام فتحعلى‌شاه به تخت سلطنت نشست و دربار سلسله‌هاى پيشين را برپا کرد و جمعى از موسيقى‌دانان دوره زنديه از خواننده و نوازنده و استادان به‌نام آن عهد به دربار او منتقل شدند. موسيقى ملى ايران به‌وسيله همين استادان، خوانندگان و نوازندگان به دربار فتحعلى‌شاه انتقال يافت و رواج پيدا کرد. همچنان‌که شاعران دورهٔ زنديه پس از انتقال به دربار قاجار شيوۀ شعرى خود را رواج دادند و پيشقدم شاعران دوره قاجار به‌شمار مى‌‌روند، موسيقى‌دانان عهد زنديه هم آنچه را در عمل و نظر در نوازندگى و خوانندگى به‌کار مى‌بردند به دربار قاجار انتقال دادند و پيشقدم استادان به‌نام موسيقى در دورهٔ محمدشاه به‌حساب مى‌آيند.


تاريخچهٔ تنظيم موسيقى ايران در هفت دستگاه به‌درستى روشن نيست. همين قدر مى‌توان دريافت که از اواخر سدهٔ نه هجرى به بعد تزلزلى در اصول و روش موسيقى و سبک کار گذشتگان راه يافت و شيرازه موسيقى قديم به‌تدريج از هم پاشيده و اساتيد فن براى جلوگيرى از هرج و مرجى که در موسيقى ملى راه يافته بود و براى حفظ و سر و صورت دادن به آن و داشتن ضابطه اقدام به جمع‌آورى و تنظيم و تقسيم آن به دستگاه‌ها و آوازها و گوشه‌هاى مربوط به تناسب موضوع کرده‌اند.


شايد بتوان تاريخ اين کار را به اواخر دوره صفوى يا اوايل دوره قاجار برگرداند. نيز مى‌توان احتمال داد که تقسيم و تنظيم و تکميل موسيقى ايران به‌صورت هفت دستگاه و آواز و گوشه‌هاى مربوطه در دورهٔ فتحعلى‌شاه يا اوايل سلطنت محمدشاه صورت گرفته و رسميت يافته باشد.


در هر صورت آنچه در موسيقى عهد ناصرالدين شاه و بعد از آن مشاهده مى‌شود يکى مقام و آوازهايى است در موسيقى که اسامى تازه‌اى دارند. مانند بيات ترک، افشار، ليلى و مجنون، شور، بيات کرد و غير اينها و حتى اسامى بعضى از آنها در کتاب و رساله‌هاى موسيقى عهد صفويه هم ديده نمى‌شود. صرف‌نظر از بعضى آهنگ‌هاى محلى يا گوشه‌هايى که به‌نام آن محل يا به‌نام ايل و طايفه‌اى معروف هستند مانند بختياري، سيخي، شوشتري، گيلکي، قجر، قرايى و امثال اينها بعضى از گوشه‌ها و نغمه‌ها نيز به‌نام اشخاص معروف هستند مانند مهدى ضرابي، نصيرخاني، مرادخاني، حاجى‌حسني، که در کتاب‌هاى نويسندگان قديم و عهد صفويه ديده نمى‌شود.


درهر‌حال اين نامگذارى با نبودن خط موسيقى در آسان شدن تعليم اين فن و حفظ نغمه‌ها و لحن‌ها بسيار مؤثر بوده است.


از ديگر مختصات موسيقى عصر قاجار رواج پيش درآمد در اواخر اين دوره است. پس از ظهور مشروطيت و آزادى اجتماعات و برپايى جشن‌ها و کنسرت‌ها و آشنايى با هيئت ارکسترهاى خارجى براى شروع کنسرت به آهنگ‌ها و قطعات ضربى و مفصل احتياج پيدا شد و با استفاده از خودِ دستگاه و آوازهاى موجود پيش درآمد را به‌وجود آوردند. پيش‌درآمد را از نوآورى‌هاى غلام‌حسين معروف به درويش‌خان مى‌دانند.


تشکيل مجالس روضه که پيش از صفويه در ايران معمول شده بود در عصر قاجاريه گسترش يافت و عموميت پيدا کرد. در ميان روضه‌خوان‌ها خوانندگان به‌نامى ظهور کردند که بعضى از آنان در فن موسيقى و خوانندگى و شناختن دقايق فنى و اطلاع بر ريزه‌کارى‌هاى اين هنر ممتاز بودند. در عصر قاجاريه به‌ويژه در ايام سلطنت ناصرالدين‌شاه و مظفرالدين‌شاه عزادارى به‌صورت دسته‌گردانى با تشريفات و تجمل بسيار برگزار مى‌شد.


زدن نقاره که در کشور ما سابقهٔ بسيار قديمى و تاريخى دارد با الحانى اجرا مى‌شد که ريشهٔ بسيار کهن داشتند و اين نيز از عوامل حفظ و انتقال الحان قديم بود.


آنچه از موسيقى قديم ايران به دوره قاجاريه رسيد و به عصر کنونى منتقل گرديد همان است که اساتيد عصر قاجاريه اعم از خواننده و نوازنده جمع‌آورى و با تعليم به جانشينان خويش يا افراد تحت تربيت و تعليم خود و طالبين اين فن به زمان بعد انتقال دادند. تأثير خوانندگان و نوازندگان حرفه‌اى يا به اصطلاح مطرب‌ها و بازيگرها و دسته‌هاى آنان را که مجموعاً طبقه خاصى را تشکيل مى‌دادند نيز نبايد ناديده گرفت. اين جماعت در هر عصر و زمان بنا به وضع اجتماعى و اقتصادى زمان خود کم و بيش وجود داشته‌اند و در حفظ و انتقال موسيقى معمول بيان خويش و بستگان و همکاران و افراد تحت تعليم خود تأثير بسزا گذاشته‌اند. استادان بزرگى نيز از ميان آنها برخاسته‌اند.