سلجوقيان پس از به‌دست گرفتن قدرت، قلمرو پهناور خود را ميان اعضاى خانواده تقسيم کردند و حمايت آنها از هنر و ادبيات و علوم، بيشتر از حمايت خلفاى عهد کهن بود. سلطان ملک‌شاه سلجوقى از حکيم عمرخيام حمايت مى‌کرد و وزير او خواجه نظام‌الملک مدرسه‌هاى نظاميهٔ بغداد و نيشابور را تأسيس کرد. سلطان سنجر به موسيقى دلبستگى بسيار داشت. سلطان محمود از نظريه‌پرداز موسيقى و دانشمند معروف ابوالحکم‌الباهلى حمايت مى‌کرد.


در دورترين نقاط شرقى خلافت، سرزمين‌هاى تحت تصرف سامانيان به‌دست ايلخانيان ترکستان (۹۳۲-۱۱۶۵ م.) و غزنويان افغانستان (۹۶۲-۱۱۸۶ م.) افتاده بود. غزنويان به اندازهٔ سامانيان، رهبران برجستهٔ فرهنگ و ادب ايران بودند. در اواسط قرن دوازدهم، غوريان جاى غزنويان را گرفتند و آنها نيز حمايت خود از علوم و هنرها را ادامه دادند.


با هجوم اقوام مغول لطمهٔ بزرگى بر پيکر تمدن و فرهنگ و هنر ايران وارد آمد که در تاريخ ايران مانند ندارد. در اين ميان موسيقى نيز از مسير طبيعى خود منحرف شد و آهنگ شادى‌بخش آن به ناله‌هاى جانسوز بدل شد. روح نشاط و شادى و اميد در مردم کشته شد و يأس و دل‌مردگى جانشين آن گرديد. اما با همهٔ اينها قوم وحشى و خونخوار مغول نتوانست چراغ فروزان تمدن و فرهنگ و هنر ريشه‌دار اين ملت کهن را يکسره خاموش کند و به‌هرحال اين دورن چون ادامهٔ سده‌هاى درخشان نهضت علمى و ادبى و هنرى ايران و اسلام است، از معتبرترين دوره‌ها به‌شمار مى‌رود. در ايران نيز، گروهى از بزرگان علم و ادب و هنر، کانون تمدن و فرهنگ و هنر ايران را گرم نگه داشتند و آنچه از گذشته به‌ارث برده بودند به آيندگان انتقال دادند. از ميان اين مشعل‌داران مولانا جلال‌الدين محمد بلخى معروف به مولوى (۶۷۲-۶۰۴ هـ.ق.) بود. شاعر ديگر اين دوره فخرالدين ابراهيم همدانى (متخلّص به عراقي) نيز از بزرگان عرفا و هنرمندان شاعر ايران است که در موسيقى دست داشته است.


به‌طورکلى در دورهٔ استيلاى مغول وجود عرفا و متصوّفه از عوامل مهم حفظ و انتشار موسيقى بود.


از مراسمى که در خانقاه‌ها معمول بود سماع اغانى صوفيانه و عاشقانه و پاى‌کوبى و دست‌افشانى بود. سماع و رواج آن در خانقاه‌ها در تاريخ موسيقى ايران داراى کمال اهميت است و از عوامل مؤثر در حفظ و رواج موسيقى ايران در برابر فقها و متشرعينِ قشرى و مخالفين موسيقى بود. صوفيه نه تنها به موسيقى و رقص توجه داشتند بلکه در حفظ و رواج هنرهاى زيبا و مسائل مربوط به زيبايى که پاره‌اى از آنها مانند نقاشى و مجسمه‌سازى در اسلام ممنوع بود نيز کوشا بودند. دانشمندان و نويسندگان کتاب‌ها و رساله‌هاى موسيقى در دورهٔ مغول عبارتند از: خواجه نصيرالدين طوسى (۶۷۲-۵۹۷ هـ.ق.)، صفى‌الدين ارموى (۶۹۳-۶۱۳ هـ.ق.)، محمود بن ابى‌بکر شروانى (سده هفتم هجري)، عبدالمؤمن اصفهانى (سده هفتم هجري)، محمدشاه ربابى (سدهٔ ۷ و ۸ هجري)، قطب‌الدين شيرازى محمود بن مسعود بن مصلح (۷۱۰-۶۳۰ هـ.ق.)، شمس‌الدين محمد بن محمود آملى (سدهٔ ۷ و ۸ هجري).


از مرگ آخرين خان مقتدر مغول تا ظهور امير تيمور، سلسله‌هاى تازه‌اى از تجزيه دولت مغول روى کار آمد. اين سلسله‌ها هر يک براى خود دربارى داشتند که مرکز تجمع شاعران و هنرمندان بود. اين سلسله‌ها يا به‌دست يکديگر منقرض شدند يا اميرتيمور گورکانى اساس دولت آنان را برچيد.


تيمور به خصوصيات چنگيز را در رعايت عدالت و قانون و نظم و اداره کشورهاى مفتوحه داشت و نه مانند او از تعصب مذهبى عارى بود. با اين همه وى به سمرقند پايتخت خود توجه فراوان داشت. دانشمندان و صنعتگران و هنرمندان را از سراسر قلمرو حکومت او به سمرقند گسيل داشت و به اهميت و اعتبار آن شهر افزود و در آبادانى و توسعه آن کوشيد.


اميرتيمور به شعر و ادب و موسيقى بى‌توجه نبود و با ثروت فراوانى که به‌دست آورده بود در اواخر عمر، اوقات خود را به برگزارى مجالس عيش و سرور و خوردن شراب و نوشيدن و شنيدن ساز و آواز مى‌گذراند. پس از مرگ تيمور بين دو پسر او، ميران‌شاه و شاهرخ و نوادگان او جنگ در گرفت. اما آنها با وجود گرفتارى‌ها و کشمکش‌ها از شاعران و هنرمندان حمايت مى‌کردند و دربار آنان محل گرد آمدن شاعران و هنرمندان بود و شعر و هنرهاى زيبا رواج و رونق گرفت.


موسيقى‌دان برجستهٔ عصر تيموريان عبدالقادر مراغى (۸۳۸-۷۵۴ هـ.ق.) است. وى تأليفات متعدد پرارزشى در موسيقى دارد. از جمله، جامع‌الالحان، مقاصدالالحان و ... . نورالدين عبدالرحمن بن عبدالقادر مراغى و عبدالعزيز مراغى دو فرزند عبدالقادر مراغى و نيز نوهٔ وي، محمد مراغى از موسيقى‌دانان زمان خود بودند.


موسيقى‌دانان سدهٔ هشت و نه و آغاز سدهٔ ده هجرى عبارتند از: خواجه رضى‌الدين رضوان‌شاه، خواجه قل محمد ميچکى (سدهٔ نه هـ.)، مولانا محمد کاخکى قهستاني، حافظ شيرازي، حافظ محمود خوارزمي، امير خضر مالى قرمانى مولوي، خواجه ابوالوفاى خوارزمي، خواجه يوسف برهان جامي، ميرزا على چنگى هروي، خواجه محمد کنک، خواجه يوسف اندکاني، خواجه شهاب‌الدين عبدالله مرواريد، امير شاهى سبزواري، على‌شاه جامي، مولانا حسن کوکبي، حافظ شربتي، حافظ باباجان، نورالدين عبدالرحمن جامي، جلال‌الدين محمد دواني، نصيرالدين بن‌العجمي، صاحب بلخي، خواجه ابوالوفاى خوارزمي، پهلوان محمد ابوسعيد، کمال‌الدين حسين واعظ بيهقي، زين‌الدين محمود واصفى هروى و ... . از خوانندگان اين دوره نيز مى‌توان: حافظ بصير، حافظ مير، حافظ حاجي، حافظ حسن علي، شاه‌محمد خواننده، حافظ تربتي، حافظ چراغ‌دان، ملاخواجه خواننده و ... . و از نوازندگان اين دوره مى‌توان به استاد حسن نايي، استاد حسن بلباني، استاد على خانقاهي، استاد محمدي، استاد حاجى کهستى نايي، استاد سيد احمد غجکي، استاد على کوچک طنبورى و ... .